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万見
- PDB-3efo: Crystal Structure of the mammalian COPII-coat protein Sec23/24 bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3efo
タイトルCrystal Structure of the mammalian COPII-coat protein Sec23/24 bound to the transport signal sequence of syntaxin 5
要素
  • Peptide
  • Protein transport protein Sec23A
  • SEC24 related gene family, member D
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPII / coat protein / transport signal / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / Membrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi disassembly / regulation of Golgi organization / early endosome to Golgi transport / Intra-Golgi traffic / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle docking / SNAP receptor activity / SNARE complex / COPII vesicle coat ...vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi disassembly / regulation of Golgi organization / early endosome to Golgi transport / Intra-Golgi traffic / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle docking / SNAP receptor activity / SNARE complex / COPII vesicle coat / vesicle fusion / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / COPII-mediated vesicle transport / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / RHOC GTPase cycle / endoplasmic reticulum exit site / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / endomembrane system / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / SNARE binding / protein localization to plasma membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / positive regulation of protein catabolic process / vesicle / in utero embryonic development / cadherin binding / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Syntaxin-5, N-terminal, Sly1p-binding domain / Syntaxin-5 N-terminal, Sly1p-binding domain / Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type ...Syntaxin-5, N-terminal, Sly1p-binding domain / Syntaxin-5 N-terminal, Sly1p-binding domain / Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / SNARE domain / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Gelsolin-like domain superfamily / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein Sec24D / Syntaxin-5 / Protein transport protein Sec23A / Protein transport protein Sec24D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Goldberg, J. / Mancias, J.D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of cargo membrane protein discrimination by the human COPII coat machinery.
著者: Mancias, J.D. / Goldberg, J.
履歴
登録2008年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec23A
B: SEC24 related gene family, member D
C: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,7505
ポリマ－173,6193
非ポリマー1312
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area61380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.060, 140.830, 152.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec23A / SEC23-related protein A


分子量: 86177.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC23A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15436
#2: タンパク質 SEC24 related gene family, member D


分子量: 86647.852 Da / 分子数: 1 / Fragment: conserved core, UNP residues 267-1033 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC24D
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IYI7, UniProt: O94855*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Peptide


分子量: 793.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this 7-residue synthetic peptide occurs naturally in humans
参照: UniProt: Q13190*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 5.5% (w/v) PEG 4000, 0.1 M magnesium sulfate and 100 mM HEPES, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 58392 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2920 -random
Rwork0.211 ---
obs-58392 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11775 0 2 150 11927

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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