PDB-3eev: Crystal Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase VCA0300 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eev

タイトル

Crystal Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase VCA0300 from Vibrio cholerae O1 biovar eltor

要素

Chloramphenicol acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / beta-helix / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

chloramphenicol O-acetyltransferase / acyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase VCA0300 from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eev.cif.gz	137.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eev.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xatS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xat-1 6pua-d 2xat-1 6u9c-d 6pu9-d 3a73-2 2fqz-2 2gb7-1 6pxa-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Chloramphenicol acetyltransferase

B: Chloramphenicol acetyltransferase

C: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

71.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.972, 99.972, 127.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-300- HOH

#1: タンパク質	Chloramphenicol acetyltransferase 分子量: 23845.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: catB9, VC_A0300 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9KMN1
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Ammonium phosphate, 0.1 M TRIS pH 8.5, 50 %v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→32.7 Å / Num. all: 22994 / Num. obs: 22994 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 48.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1129 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0053	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xat

2xat

解像度: 2.61→32.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 22.715 / SU ML: 0.219 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.027 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1177	5.1 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
all	0.178	21757	-	-
obs	0.178	21757	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.618 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.09 Å²	-0.54 Å²	0 Å²
2-	-	-1.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→32.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4926	0	24	218	5168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	5109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.606	1.915	6938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.366	5	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.381	23.815	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.261	15	783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.594	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.682	1.5	3076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.322	2	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.261	3	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.578	4.5	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.61→2.673 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	98	-
R_work	0.23	1558	-
obs	-	1656	99.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2817	0.0141	0.2097	1.2338	-0.2464	0.2439	-0.0053	-0.0273	0.0803	0.0905	-0.0036	0.0873	-0.033	0.0097	0.0089	0.0216	-0.0136	0.0039	0.0404	-0.0109	0.1128	-45.9161	34.848	1.5936
2	0.9018	0.4693	0.0707	1.0516	0.0536	0.4799	-0.0192	0.0296	0.0387	0.0649	0.0599	0.2688	0.0394	-0.0457	-0.0406	0.0107	-0.0005	0.0181	0.018	-0.0102	0.1789	-72.6974	20.1472	2.8609
3	0.6952	0.0199	-0.0337	0.5601	0.0969	0.4337	0.0113	-0.0914	-0.0649	0.0484	-0.0117	0.0785	0.0084	0.01	0.0005	0.027	-0.0045	0.0045	0.0152	0.0006	0.1055	-46.6598	4.0571	-0.9053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 208	5 - 211
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 205	4 - 208
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 208	4 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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