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万見
- PDB-3eem: Candida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eem
タイトルCandida glabrata Dihydrofolate Reductase complexed with 2,4-diamino-5-[3-methyl-3-(3-methoxy-5-(2,6-dimethylphenyl)phenyl)prop-1-ynyl]-6-methylpyrimidine(UCP111D26M) and NADPH
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-53V / Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Liu, J. / Anderson, A.
引用ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2009
タイトル: Probing the active site of Candida glabrata dihydrofolate reductase with high resolution crystal structures and the synthesis of new inhibitors
著者: Liu, J. / Bolstad, D.B. / Smith, A.E. / Priestley, N.D. / Wright, D.L. / Anderson, A.C.
履歴
登録2008年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1186
ポリマ－52,8552
非ポリマー2,2644
水3,693205
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5593
ポリマ－26,4271
非ポリマー1,1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5593
ポリマ－26,4271
非ポリマー1,1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.822, 42.822, 231.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13B
23A
14B
24A
15B
25A
16B
26A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASPAA153 - 154153 - 154
21METMETASPASPBB153 - 154153 - 154
12GLUGLUGLNGLNAA161 - 164161 - 164
22GLUGLUGLNGLNBB161 - 164161 - 164
13LEULEUGLNGLNBB105 - 106105 - 106
23LEULEUGLNGLNAA105 - 106105 - 106
14ASNASNGLUGLUBB111 - 112111 - 112
24ASNASNGLUGLUAA111 - 112111 - 112
15THRTHRTHRTHRBB148 - 149148 - 149
25THRTHRTHRTHRAA148 - 149148 - 149
16ASNASNSERSERBB46 - 4746 - 47
26ASNASNSERSERAA46 - 4746 - 47

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 26427.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0J03894g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FPH0
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-53V / 5-[(3R)-3-(5-methoxy-2',6'-dimethylbiphenyl-3-yl)but-1-yn-1-yl]-6-methylpyrimidine-2,4-diamine


分子量: 386.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, MgCl2, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 22825 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.999 / Net I/σ(I): 25.726
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.11-2.194.10.21822830.711195.7
2.19-2.274.30.19423290.957196.5
2.27-2.384.30.15823410.951197.5
2.38-2.54.40.14422941.299197
2.5-2.664.30.12523521.578196.6
2.66-2.864.40.1122631.861195.8
2.86-3.154.40.09322582.538194.6
3.15-3.614.50.07622353.286193.5
3.61-4.544.60.06421824.125190.6
4.54-504.80.04122882.415193.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 2.11→42.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU B: 5.305 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1159 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.172 22747 95.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.93 Å2 / Biso mean: 25.549 Å2 / Biso min: 8.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3692 0 154 205 4051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.39225360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg31.2565448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65624.086186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.01915694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.651524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22538
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3020.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2810.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.621.52365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86623646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.39331938
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6724.51714
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A8TIGHT POSITIONAL0.070.05
1A8LOOSE POSITIONAL0.115
1A8TIGHT THERMAL0.180.5
1A8LOOSE THERMAL1.1910
2A16TIGHT POSITIONAL0.070.05
2A19LOOSE POSITIONAL0.415
2A16TIGHT THERMAL0.160.5
2A19LOOSE THERMAL1.4610
3B8TIGHT POSITIONAL0.080.05
3B9LOOSE POSITIONAL0.115
3B8TIGHT THERMAL0.190.5
3B9LOOSE THERMAL0.8710
4B8TIGHT POSITIONAL0.080.05
4B9LOOSE POSITIONAL0.565
4B8TIGHT THERMAL0.10.5
4B9LOOSE THERMAL0.7710
5B8TIGHT POSITIONAL0.090.05
5B6LOOSE POSITIONAL0.175
5B8TIGHT THERMAL0.190.5
5B6LOOSE THERMAL0.9510
6B8TIGHT POSITIONAL0.110.05
6B6LOOSE POSITIONAL0.335
6B8TIGHT THERMAL0.150.5
6B6LOOSE THERMAL0.3710
LS精密化 シェル解像度: 2.107→2.162 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 76 -
Rwork0.181 1590 -
all-1666 -
obs--92.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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