PDB-3eef: Crystal structure of N-carbamoylsarcosine amidase from thermoplas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eef

タイトル

Crystal structure of N-carbamoylsarcosine amidase from thermoplasma acidophilum

要素

N-carbamoylsarcosine amidase related protein

キーワード

HYDROLASE / N-CARBAMOYLSARCOSINE AMIDASE / Protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Luo, H.-B. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Skarina, T. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and molecular modeling study of N-carbamoylsarcosine amidase Ta0454 from Thermoplasma acidophilum.
著者: Luo, H.B. / Zheng, H. / Zimmerman, M.D. / Chruszcz, M. / Skarina, T. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Minor, W.

履歴

登録	2008年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eef.cif.gz	80.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eef.ent.gz	60.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3eef_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3eef_full_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示
XML形式データ	3eef_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	3eef_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1o97-d 1o96-2 3cls-d 1o96-4 3r1b-4 3clr-d 3clt-d 5e6t-d 1efp-1 5zus-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7585

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-carbamoylsarcosine amidase related protein

B: N-carbamoylsarcosine amidase related protein

ヘテロ分子

41.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-carbamoylsarcosine amidase related protein

B: N-carbamoylsarcosine amidase related protein

ヘテロ分子

A: N-carbamoylsarcosine amidase related protein

B: N-carbamoylsarcosine amidase related protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
83.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.970, 83.970, 98.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MSE	MSE	MSE	MSE	3	A	A	1 - 10	1 - 10
2	1	MSE	MSE	MSE	MSE	3	B	B	1 - 10	1 - 10
1	2	PRO	PRO	ARG	ARG	3	A	A	30 - 80	30 - 80
2	2	PRO	PRO	ARG	ARG	3	B	B	30 - 80	30 - 80
1	3	SER	SER	TYR	TYR	6	A	A	82 - 86	82 - 86
2	3	SER	SER	TYR	TYR	6	B	B	82 - 86	82 - 86
1	4	VAL	VAL	LEU	LEU	3	A	A	87 - 115	87 - 115
2	4	VAL	VAL	LEU	LEU	3	B	B	87 - 115	87 - 115
1	5	GLU	GLU	GLU	GLU	4	A	A	142	142
2	5	GLU	GLU	GLU	GLU	4	B	B	142	142
1	6	ALA	ALA	GLY	GLY	3	A	A	144 - 173	144 - 173
2	6	ALA	ALA	GLY	GLY	3	B	B	144 - 173	144 - 173

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	N-carbamoylsarcosine amidase related protein 分子量: 20793.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: Ta0454 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9HKY9, N-carbamoylsarcosine amidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: NH4 sulfatte 2M, ISO-PROPANOLE 5%, VAPOR DIFFUSION - SITTING DROP, TEMPERATURE 273K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月11日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→40.85 Å / Num. obs: 16452 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.3 % / B_iso Wilson estimate: 59.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 65.83
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / R_sym value: 0.447 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0017	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→40.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 15.384 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	829	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.196	16369	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0.24 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→40.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2633	0	2	52	2687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.315	1.949	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.945	3	4239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.935	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.8	23.277	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.32	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.587	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.643	3	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.439	3	700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.981	5	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.718	8	981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.854	11	911
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	58	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	1	A	64	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
1	2	B	58	TIGHT THERMAL	0.14	0.5
1	2	B	64	LOOSE THERMAL	0.17	10
2	1	A	298	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	1	A	340	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
2	2	B	298	TIGHT THERMAL	0.14	0.5
2	2	B	340	LOOSE THERMAL	0.14	10
3	1	A	56	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
3	1	A	56	LOOSE THERMAL	2.45	10
4	1	A	171	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	1	A	198	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
4	2	B	171	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
4	2	B	198	LOOSE THERMAL	0.19	10
5	1	A	15	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
5	1	A	15	MEDIUM THERMAL	0.47	2
6	1	A	177	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
6	1	A	194	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
6	2	B	177	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
6	2	B	194	LOOSE THERMAL	0.12	10

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	58	-
R_work	0.202	1135	-
obs	-	-	99.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7825	-0.1541	-0.2277	0.7267	-0.0743	0.7124	0.0112	0.0842	-0.0862	0.0298	-0.0738	-0.0418	0.0943	0.0076	0.0626	0.0243	-0.031	0.0344	0.0787	-0.0187	0.0896	-12.707	23.11	21.73
2	1.1649	0.2419	0.1397	0.9829	0.3079	0.5985	-0.0727	-0.1489	-0.0759	0.2694	0.0371	-0.2379	0.0285	0.0145	0.0356	0.0932	-0.0039	-0.0615	0.0897	0.0013	0.1081	-5.448	33.994	45.604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 173	1 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 173	1 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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