+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e6t | |||||||||
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Title | Crystal structure of bovine norovirus P domain | |||||||||
Components | Capsid | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Protruding domain | |||||||||
Function / homology | Function and homology information virion component => GO:0044423 / host cell cytoplasm / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Norovirus Bo/GIII/B309/2003/BEL | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.27 Å | |||||||||
Authors | Singh, B.K. / Hansman, G.S. | |||||||||
Funding support | Germany, China, 2items
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Citation | Journal: Virology / Year: 2015 Title: Structural analysis of bovine norovirus protruding domain. Authors: Singh, B.K. / Koromyslova, A. / Hansman, G.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5e6t.cif.gz | 236.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5e6t.ent.gz | 188.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5e6t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/5e6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/5e6t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2zl5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL
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-Components
#1: Protein | Mass: 31357.143 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: P DOMAIN, UNP residues 225-530 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Norovirus Bo/GIII/B309/2003/BEL / Plasmid: MBP-HTSHP / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: E6Y5B1 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: PEG 3350, Zinc acetate, imidazole |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.97924 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 3, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→40.81 Å / Num. obs: 28691 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 26.03 Å2 / Rmerge F obs: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 0.897 / Net I/σ(I): 10.53 / Num. measured all: 144036 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ZL5 Resolution: 2.27→40.81 Å / FOM work R set: 0.8297 / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.07 Å2 / Biso mean: 26.05 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.27→40.81 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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