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- PDB-3eeb: Structure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eeb
タイトルStructure of the V. cholerae RTX cysteine protease domain
要素RTX toxin RtxA
キーワードTOXIN / V. cholerae / repeats-in-toxin / RTX / MARTX / cysteine protease / inositol hexakisphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / ligase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / actin filament organization / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding ...CoA-dependent peptidyl-lysine N6-palmitoyltransferase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / ligase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / actin filament organization / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
MARTX cysteine protease (CPD) domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / : / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain ...MARTX cysteine protease (CPD) domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / : / C-terminal repeat from RTX toxins / : / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lupardus, P.J. / Shen, A. / Bogyo, M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Small molecule-induced allosteric activation of the Vibrio cholerae RTX cysteine protease domain
著者: Lupardus, P.J. / Shen, A. / Bogyo, M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2008年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年10月14日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RTX toxin RtxA
B: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7866
ポリマ－45,4202
非ポリマー1,3664
水4,035224
1
A: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3933
ポリマ－22,7101
非ポリマー6832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RTX toxin RtxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3933
ポリマ－22,7101
非ポリマー6832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.491, 66.099, 136.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RTX toxin RtxA


分子量: 22709.922 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 3442-3650 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: rtxA, vc1451 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KS12
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG3350, 15% MPD, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 23713 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2347 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.263 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24279 1178 5.1 %RANDOM
Rwork0.19932 ---
obs0.2015 22101 96.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20 Å2
2---2.72 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3116 0 74 224 3414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.954416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7575404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.11325.706163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25715531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9751516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.22192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2770.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3410.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6761.52005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26623210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75631285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.784.51206
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 84 -
Rwork0.228 1608 -
obs--97.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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