PDB-3ed7: Replacement of Val3 in Human Thymidylate Synthase Affects Its Kin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ed7

タイトル

Replacement of Val3 in Human Thymidylate Synthase Affects Its Kinetic Properties and Intracellular Stability

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase / Nucleotide biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil metabolic process / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / response to vitamin A / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / cartilage development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Huang, X. / Gibson, L.M. / Bell, B.J. / Lovelace, L.L. / Pena, M.M. / Berger, F.G. / Berger, S.H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Replacement of Val3 in human thymidylate synthase affects its kinetic properties and intracellular stability .
著者: Huang, X. / Gibson, L.M. / Bell, B.J. / Lovelace, L.L. / Pena, M.M. / Berger, F.G. / Berger, S.H. / Lebioda, L.

履歴

登録	2008年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ed7.cif.gz	74.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ed7.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ed7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3ed7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3ed7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eawC 3ebuC 3edwC 3ef9C 3ejlC 3gg5C 3gh0C 3gh2C 1hw3 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gd7-2 3gh0-1 5x4x-1 4iqq-1 5x4w-1 4eb4-1 3ejl-2 5x69-2 3ob7-2 1ju6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.546, 95.546, 80.923
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TSase / TS 分子量: 33717.742 Da / 分子数: 1 / 変異: V3L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OK/SW-cl.29, TS, TYMS / プラスミド: PTSO80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TX61- / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE BETWEEN LEU3 AND PRO26 IS: AGSELPRRPLPPAAQERDAEPR. ONLY 4 RESIDUES OBSERVED AND WAS ...THE SEQUENCE BETWEEN LEU3 AND PRO26 IS: AGSELPRRPLPPAAQERDAEPR. ONLY 4 RESIDUES OBSERVED AND WAS MODELED AS ALA. THESE RESIDUES WERE CHANGED TO UNK.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, 35-40%ammonium sulfate, 20mM BME, , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 53034 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 61.212
反射シェル	解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.936 / % possible all: 54.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
CNS		位相決定
DENZO		データ削減

精密化

解像度: 1.56→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.853 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23344	2679	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20896	-	-	-
obs	0.21017	50331	86.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.455 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.62 Å²	-0.81 Å²	0 Å²
2-	-	-1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2286	0	15	149	2450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.592	1.965	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.312	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.913	23.304	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.161	15	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.746	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.109	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.095	1.5	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.669	2	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.669	3	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.036	4.5	918
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.559→1.599 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.559	122	-
R_work	0.521	2250	-
obs	-	-	53.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 47.365 Å / Origin y: -8.8317 Å / Origin z: 38.1509 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0069 Å²	-0.0331 Å²	-0.0663 Å²	-	-0.1325 Å²	0.0125 Å²	-	-	0.0386 Å²
L	0.8624 °²	0.5518 °²	0.1624 °²	-	1.4021 °²	-0.1832 °²	-	-	1.3309 °²
S	0.2193 Å °	-0.104 Å °	-0.2265 Å °	0.1848 Å °	-0.0957 Å °	-0.1821 Å °	0.1286 Å °	0.0766 Å °	-0.1236 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 448
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	315 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 309

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.paramHicup	CNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:protein.topHIcup

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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