PDB-3ec6: Crystal structure of the General Stress Protein 26 from Bacillus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ec6

タイトル

Crystal structure of the General Stress Protein 26 from Bacillus anthracis str. Sterne

要素

General stress protein 26

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / alpha-beta structure / structural genomics of NIAID / Structural Genomics of National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the general stress protein 26 from Bacillus anthracis str. Sterne
著者: Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ec6.cif.gz	41.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ec6.ent.gz	33 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ec6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ec6_validation.pdf.gz	752.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ec6_full_validation.pdf.gz	755.8 KB	表示
XML形式データ	3ec6_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	3ec6_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3p3f-1 3fxb-1 5q0w-d 1apa-d 5his-d 3l0j-d 5hiq-d 2xhs-d 4n15-d 1t7t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01540

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: General stress protein 26

ヘテロ分子

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: General stress protein 26

ヘテロ分子

A: General stress protein 26

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.123, 48.898, 51.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-175- HOH

#1: タンパク質	General stress protein 26 分子量: 16288.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q81Z55, UniProt: A0A6L8PEJ3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CODE IDP01540 DOES NOT EXIST IN TARGETDB AT THE TIME OF PROCESSING.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.05 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2 詳細: 0.1M Hampton PH9.2, 2.8M NH4SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→41.27 Å / Num. all: 16512 / Num. obs: 16512 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.07
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 608 / % possible all: 71.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0053	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→26.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.78 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.108
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	840	5.1 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
all	0.188	15664	-	-
obs	0.188	15664	96.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1076	0	58	88	1222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	2.015	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.194	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.573	24.355	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.228	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.292	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.215	1.5	704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.112	2	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.934	3	546
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.588	4.5	552
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	46	-
R_work	0.287	856	-
obs	-	902	70.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -3.2248 Å / Origin y: 36.7979 Å / Origin z: 20.3917 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0193 Å²	0.0014 Å²	-0.0085 Å²	-	0.0204 Å²	0.0076 Å²	-	-	0.0206 Å²
L	0.5611 °²	-0.023 °²	-0.476 °²	-	0.4869 °²	0.2164 °²	-	-	1.1142 °²
S	0.0466 Å °	-0.0182 Å °	-0.0296 Å °	0.0124 Å °	-0.0355 Å °	-0.0315 Å °	0.0531 Å °	0.0582 Å °	-0.0111 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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