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- PDB-3eb6: Structure of the cIAP2 RING domain bound to UbcH5b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eb6
タイトルStructure of the cIAP2 RING domain bound to UbcH5b
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
キーワードAPOPTOSIS / LIGASE / RING domain / E2 / Metal-binding / Zinc-finger / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of RIG-I signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of necroptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / non-canonical NF-kappaB signal transduction / RIPK1-mediated regulated necrosis ...regulation of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of RIG-I signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of necroptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / non-canonical NF-kappaB signal transduction / RIPK1-mediated regulated necrosis / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / ubiquitin conjugating enzyme activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / protein K48-linked ubiquitination / canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of inflammatory response / transferase activity / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase recruitment domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain ...Caspase recruitment domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Herpes Virus-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Mace, P.D. / Linke, K. / Schumacher, F.-R. / Smith, C.A. / Day, C.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structures of the cIAP2 RING Domain Reveal Conformational Changes Associated with Ubiquitin-conjugating Enzyme (E2) Recruitment.
著者: Mace, P.D. / Linke, K. / Feltham, R. / Schumacher, F.R. / Smith, C.A. / Vaux, D.L. / Silke, J. / Day, C.L.
履歴
登録2008年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2694
ポリマ－25,1382
非ポリマー1312
水00
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
ヘテロ分子

A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5388
ポリマ－50,2764
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)137.226, 137.226, 111.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 / Inhibitor of apoptosis protein 1 / HIAP-1 / HIAP1 / C-IAP2 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 1 ...Inhibitor of apoptosis protein 1 / HIAP-1 / HIAP1 / C-IAP2 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 1 / IAP homolog C / Apoptosis inhibitor 2 / API2 / RING finger protein 49


分子量: 8238.674 Da / 分子数: 1 / 断片: RING domain (RESIDUES 536 TO 604) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC3, API2, IAP1, MIHC, RNF49 / プラスミド: pGex6p3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13489
#2: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Xubc4


分子量: 16899.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: ube2d2, ubc4 / プラスミド: pGex6p3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62840, ubiquitin-protein ligase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 3.3 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.401→58.521 Å / Num. all: 8950 / Num. obs: 8512 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 7.331
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.01 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.4-3.5870.8885312631.03299.6
3.58-3.871.5840412040.52199.4
3.8-4.0672.7785811240.28399.4
4.06-4.3975.3743510650.14299.7
4.39-4.816.97.868239870.09799.8
4.81-5.386.910.362409000.07199.5
5.38-6.216.811.854117930.0699.2
6.21-7.66.816.146576800.04498.6
7.6-10.756.818.535605260.02997.3
10.75-58.526.217.619123090.03293.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.21データスケーリング
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 3.4→58.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 48.459 / SU ML: 0.362 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.959 / ESU R Free: 0.494 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 433 4.8 %RANDOM
Rwork0.281 ---
obs0.283 8512 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.11 Å2 / Biso mean: 102.875 Å2 / Biso min: 73.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.33 Å21.67 Å20 Å2
2--3.33 Å20 Å2
3----5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→58.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1691 0 2 0 1693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.341.9832361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8255211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.54823.15173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.89115301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0321514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.2878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.245
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1960.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.251.51097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.46821761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7063717
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1294.5600
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.52 31 -
Rwork0.428 609 -
all-640 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.063-0.8516-3.859617.75985.723911.71750.350.8026-1.3207-0.1691-0.93361.35141.4768-1.27080.5837-0.40130.04560.2371-0.20210.245-0.091349.941-43.269-23.015
27.51311.0291-4.0154.5737-1.244913.55430.8172-0.58090.94271.039-0.4740.2024-0.42520.3926-0.3433-0.4161-0.19710.3855-0.56680.08030.045536.812-36.9740.545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA541 - 60411 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 1472 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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