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- PDB-3e9d: Structure of full-length TIGAR from Danio rerio -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e9d
タイトルStructure of full-length TIGAR from Danio rerio
要素Zgc:56074
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / histidine phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pentose-phosphate shunt / フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / negative regulation of glycolytic process / catalytic activity / オートファジー / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / ミトコンドリア / 細胞核 ...regulation of pentose-phosphate shunt / フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / negative regulation of glycolytic process / catalytic activity / オートファジー / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リン酸塩 / Fructose-2,6-bisphosphatase TIGAR B
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, H. / Jogl, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: TIGAR (TP53 induced glycolysis and apoptosis regulator) is a fructose-2,6- and fructose-1,6-bisphosphatase
著者: Li, H. / Jogl, G.
履歴
登録2008年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zgc:56074
B: Zgc:56074
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6798
ポリマ－59,2212
非ポリマー4586
水12,574698
1
A: Zgc:56074
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8404
ポリマ－29,6111
非ポリマー2293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Zgc:56074
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8404
ポリマ－29,6111
非ポリマー2293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.661, 115.541, 61.311
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-538-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Zgc:56074


分子量: 29610.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: zgc:56074 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star / 参照: UniProt: Q7ZVE3
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1 M sodium phosphate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 57061 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 0.974
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.072.20.42547000.858179.3
2.07-2.152.50.3452630.884189.4
2.15-2.252.80.3257180.896196.8
2.25-2.3730.26359000.919199.4
2.37-2.523.10.20658970.9671100
2.52-2.713.10.15859230.962199.9
2.71-2.993.20.1159341.042199.8
2.99-3.423.20.06559281.051199.5
3.42-4.313.20.04358791.049199.1
4.31-303.20.03359190.994198.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.363 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 2835 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 56186 96.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.88 Å2 / Biso mean: 28.07 Å2 / Biso min: 12.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.63 Å20 Å2-0.32 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3826 0 22 698 4546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.141.9555287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5265487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78623.545189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.79615678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.381534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.52430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40623905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16331485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6134.51382
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 198 -
Rwork0.243 3289 -
all-3487 -
obs--81.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7514-0.2627-0.13950.57510.04290.4831-0.0168-0.01840.0387-0.02530.0376-0.02210.0107-0.0001-0.02080.0381-0.002-0.00860.01250.00020.004621.7608-17.821914.2836
20.56070.30010.18960.83530.0990.89540.03350.01750.00820.07750.02910.05380.03280.0094-0.06260.0226-0.0050.01010.0054-0.00230.012122.813918.495412.2484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2501 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1481 - 148
3X-RAY DIFFRACTION2BB160 - 250160 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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