ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show COMO位相決定 Show REFMAC5.5.0044精密化 Show PDB_EXTRACT3.006 データ抽出 Show HKL-2000データ削減
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.959 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.939 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.5 / SU B : 6.363 / SU ML : 0.081 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.126 / ESU R Free : 0.128 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.213 2835 5 % RANDOM Rwork 0.171 - - - obs 0.173 56186 96.88 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 74.88 Å2 / Biso mean : 28.07 Å2 / Biso min : 12.82 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 1.63 Å2 0 Å2 -0.32 Å2 2- - -0.7 Å2 0 Å2 3- - - -1.09 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3826 0 22 698 4546
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.012 0.021 3915 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.14 1.955 5287 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.526 5 487 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg36.786 23.545 189 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg12.796 15 678 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg14.38 15 34 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.076 0.2 588 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.021 2968 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.736 1.5 2430 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.406 2 3905 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.163 3 1485 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.613 4.5 1382
LS精密化 シェル 解像度 : 2→2.052 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.273 198 - Rwork 0.243 3289 - all - 3487 - obs - - 81.78 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.7514 -0.2627 -0.1395 0.5751 0.0429 0.4831 -0.0168 -0.0184 0.0387 -0.0253 0.0376 -0.0221 0.0107 -0.0001 -0.0208 0.0381 -0.002 -0.0086 0.0125 0.0002 0.0046 21.7608 -17.8219 14.2836 2 0.5607 0.3001 0.1896 0.8353 0.099 0.8954 0.0335 0.0175 0.0082 0.0775 0.0291 0.0538 0.0328 0.0094 -0.0626 0.0226 -0.005 0.0101 0.0054 -0.0023 0.0121 22.8139 18.4954 12.2484
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 AA1 - 250 1 - 250 2 X-RAY DIFFRACTION 2 BB1 - 148 1 - 148 3 X-RAY DIFFRACTION 2 BB160 - 250 160 - 250