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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e8u | ||||||
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タイトル | Crystal structure and thermodynamic analysis of diagnostic Fab 106.3 complexed with BNP 5-13 (C10A) reveal basis of selective molecular recognition | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab 106.3 / IgG1 / Brain Natriuretic Peptide (BNP) | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Longenecker, K.L. / Ruan, Q. / Fry, E.H. / Saldana, S.S. / Brophy, S.E. / Richardson, P.L. / Tetin, S.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and thermodynamic analysis of diagnostic mAb 106.3 complexed with BNP 5-13 (C10A). 著者: Longenecker, K.L. / Ruan, Q. / Fry, E.H. / Saldana, S.C. / Brophy, S.E. / Richardson, P.L. / Tetin, S.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23394.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23761.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 993.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 25672 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→44.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.209 / WRfactor Rwork: 0.163 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.835 / SU B: 5.039 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.263 / SU Rfree: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 47.51 Å2 / Biso mean: 20.195 Å2 / Biso min: 5.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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