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万見
- PDB-3e8u: Crystal structure and thermodynamic analysis of diagnostic Fab 10... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e8u
タイトルCrystal structure and thermodynamic analysis of diagnostic Fab 106.3 complexed with BNP 5-13 (C10A) reveal basis of selective molecular recognition
要素
  • BNP peptide epitope
  • Fab 106.3 heavy chain
  • Fab 106.3 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab 106.3 / IgG1 / Brain Natriuretic Peptide (BNP)
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Ruan, Q. / Fry, E.H. / Saldana, S.S. / Brophy, S.E. / Richardson, P.L. / Tetin, S.Y.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure and thermodynamic analysis of diagnostic mAb 106.3 complexed with BNP 5-13 (C10A).
著者: Longenecker, K.L. / Ruan, Q. / Fry, E.H. / Saldana, S.C. / Brophy, S.E. / Richardson, P.L. / Tetin, S.Y.
履歴
登録2008年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab 106.3 heavy chain
L: Fab 106.3 light chain
P: BNP peptide epitope


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1493
ポリマ－48,1493
非ポリマー00
水7,656425
1
H: Fab 106.3 heavy chain
L: Fab 106.3 light chain
P: BNP peptide epitope

H: Fab 106.3 heavy chain
L: Fab 106.3 light chain
P: BNP peptide epitope


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2986
ポリマ－96,2986
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area12230 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area36560 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.900, 88.878, 138.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Fab 106.3 heavy chain


分子量: 23394.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab 106.3 light chain


分子量: 23761.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド BNP peptide epitope


分子量: 993.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 25672 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.055
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.1820.35615081.10253.7
2.18-2.262.50.36220041.06371.7
2.26-2.373.30.34324501.0986.5
2.37-2.494.40.32526751.12595.7
2.49-2.655.50.27327331.06597.3
2.65-2.855.90.19727801.0898.4
2.85-3.1460.12728141.05198.9
3.14-3.596.30.07528281.04199.6
3.59-4.5270.04928851.019100
4.52-507.10.04129951.02799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.1→44.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.209 / WRfactor Rwork: 0.163 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.835 / SU B: 5.039 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.263 / SU Rfree: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1314 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.188 25645 90.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.51 Å2 / Biso mean: 20.195 Å2 / Biso min: 5.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 0 425 3791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.9424711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5135435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45624.795146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82715534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3271511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.21465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.22282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5581.52234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98323541
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42931413
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2894.51170
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 65 -
Rwork0.238 1002 -
all-1067 -
obs--51.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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