PDB-3e81: Structure-function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3.0E+81

タイトル

Structure-function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononate-9-phosphate (KDN) Phosphatase Defines a New Clad Within the Type C0 HAD Subfamily

要素

Acylneuraminate cytidylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / 2-keto-3-deoxynononic acid 9-phosphate phosphohydrolase / Nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nonulopyranosonate 9-phosphatase / hydrolase activity, acting on ester bonds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 1.629 Å

データ登録者

Lu, Z. / Wang, L. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-Function Analysis of 2-Keto-3-deoxy-D-glycero-D-galactonononate-9-phosphate Phosphatase Defines Specificity Elements in Type C0 Haloalkanoate Dehalogenase Family Members.
著者: Lu, Z. / Wang, L. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.

履歴

登録	2008年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月31日	Group: Refinement description
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e81.cif.gz	299.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e81.ent.gz	245 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3e81_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e81_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3e81_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	3e81_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/3e81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/3e81	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3e84C 3e8mC 1k1eS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3e84-d 3e8m-d 4hgq-1 4hgo-d 4hgr-1 4hgq-2 4hgr-2 1k1e-3 3nrj-1 3mn1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (2) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acylneuraminate cytidylyltransferase

B: Acylneuraminate cytidylyltransferase

C: Acylneuraminate cytidylyltransferase

D: Acylneuraminate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

76.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Acylneuraminate cytidylyltransferase

B: Acylneuraminate cytidylyltransferase

C: Acylneuraminate cytidylyltransferase

D: Acylneuraminate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

A: Acylneuraminate cytidylyltransferase

B: Acylneuraminate cytidylyltransferase

C: Acylneuraminate cytidylyltransferase

D: Acylneuraminate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.958, 106.602, 74.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-258- HOH
2	1	C-271- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

Acylneuraminate cytidylyltransferase

分子量: 18362.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_1713 / プラスミド: pET-3A-626 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8A712

#6: 糖

ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Acb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 502分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-VN4 / oxido(dioxo)vanadium 分子量: 98.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% w/v polyethelene glycol (PEG) 4,000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 0.2 M sodium acetate and 10 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月4日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.629→50 Å / Num. obs: 81247 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 0.997 / Net I/σ(I): 35.4
反射シェル	解像度: 1.629→1.69 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 7434 / Χ²: 1 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

開始モデル: PDB ENTRY 1K1E

1k1e

解像度: 1.629→49.061 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.892 / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1.89 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	7786	5 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.176	81192	98.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.542 Å² / k_sol: 0.373 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.68 Å² / B_iso mean: 32.003 Å² / B_iso min: 18.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.861 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.993 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.94 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21 Å	0.17 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.16 Å	0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.629→49.061 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5180	0	170	482	5832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5531
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.12	7479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	807
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	949
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.919	2179

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.629-1.647	0.296	194	0.293	4110	4304	4110	81
1.647-1.667	0.298	276	0.273	4480	4756	4480	90
1.667-1.687	0.258	258	0.257	4836	5094	4836	96
1.687-1.708	0.259	281	0.229	4924	5205	4924	98
1.708-1.731	0.25	249	0.207	5010	5259	5010	100
1.731-1.755	0.237	249	0.198	4930	5179	4930	99
1.755-1.78	0.222	285	0.186	5020	5305	5020	99
1.78-1.806	0.232	248	0.169	4992	5240	4992	100
1.806-1.834	0.225	227	0.162	5064	5291	5064	100
1.834-1.865	0.191	296	0.157	4967	5263	4967	100
1.865-1.897	0.205	260	0.154	5012	5272	5012	100
1.897-1.931	0.207	230	0.154	4986	5216	4986	100
1.931-1.968	0.183	258	0.144	5065	5323	5065	100
1.968-2.008	0.173	280	0.145	4980	5260	4980	100
2.008-2.052	0.191	311	0.137	4999	5310	4999	100
2.052-2.1	0.169	270	0.138	4994	5264	4994	100
2.1-2.152	0.184	272	0.139	4953	5225	4953	100
2.152-2.211	0.187	264	0.142	5054	5318	5054	100
2.211-2.276	0.153	292	0.143	4997	5289	4997	100
2.276-2.349	0.191	230	0.136	4999	5229	4999	100
2.349-2.433	0.209	293	0.149	5007	5300	5007	100
2.433-2.53	0.204	257	0.155	4999	5256	4999	100
2.53-2.645	0.198	215	0.157	5090	5305	5090	100
2.645-2.785	0.201	275	0.155	4942	5217	4942	99
2.785-2.96	0.203	269	0.164	4958	5227	4958	99
2.96-3.188	0.195	249	0.162	4921	5170	4921	99
3.188-3.509	0.198	280	0.154	4883	5163	4883	98
3.509-4.016	0.188	254	0.146	4816	5070	4816	96
4.016-5.059	0.139	239	0.135	4928	5167	4928	98
5.059-49.083	0.2	225	0.176	4953	5178	4953	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7539	-0.178	-0.1618	0.4551	-0.0051	-0.1884	-0.0577	-0.0627	-0.0473	0.0332	0.0471	0.0634	-0.0406	0.0079	0	0.2767	0.0039	-0.0005	0.2727	-0.0073	0.2674	-38.2713	25.6466	-14.8372
2	0.2169	-0.2517	-0.107	0.126	0.1581	0.1881	-0.0292	0.1526	0.2989	0.1088	-0.0226	-0.3495	-0.4116	0.3171	0.0001	0.2852	-0.0332	0.0313	0.2576	0.0087	0.2854	-31.4794	32.0503	-17.3459
3	0.3798	0.1366	-0.3555	0.705	-0.1662	0.7796	0.0772	-0.0327	0.0183	0.0373	-0.0099	0.0694	-0.0336	-0.0104	-0	0.2701	0.0146	0.0138	0.2647	-0.0192	0.2623	-44.8377	31.7	-5.21
4	0.0618	0.039	-0.0077	0.0299	-0.0127	0.0212	0.1887	-0.3458	0.1701	0.5081	-0.0393	0.3244	-0.3767	-0.1637	0.0005	0.3472	0.0049	0.0402	0.3186	-0.0217	0.2992	-49.2846	24.9142	0.0782
5	0.1528	-0.0969	-0.0625	-0.0785	0.0597	0.3102	0.1434	0.1958	-0.1882	-0.1391	0.0024	0.2005	0.1247	-0.095	0.0002	0.2816	-0.0079	-0.0149	0.2488	0.0049	0.3108	-47.7113	15.5144	-5.5746
6	0.051	0.0414	-0.0084	-0.0107	-0.064	0.0559	-0.1846	0.2808	-0.2867	0.3236	0.2155	0.0102	0.6899	0.0433	0.0003	0.2983	-0.011	-0.0174	0.2633	-0.0113	0.3631	-46.411	12.6577	-16.0472
7	-0.0988	-0.0785	0.1633	-0.188	-0.0349	0.1416	-0.0169	-0.1039	-0.1476	0.0709	0.0558	-0.0194	0.0553	0.0658	0	0.2785	0.0127	-0.0183	0.2756	-0.0128	0.2764	-49.542	21.3839	-20.5295
8	0.1297	-0.0731	0.042	0.1849	0.0351	0.0958	-0.0537	0.3887	-0.1015	-0.3985	-0.2039	0.3193	-0.1356	-0.5923	0.0006	0.3995	0.0265	-0.0549	0.3263	-0.0094	0.2956	-54.328	26.0465	-34.097
9	0.3856	0.2922	-0.0332	0.4309	-0.3256	0.8524	0.059	-0.0194	0.0337	0.0097	0.0053	-0.0094	0.0966	0.0944	0	0.2598	-0.0119	-0.0046	0.2639	-0.0015	0.2735	-23.4485	9.7548	-2.727
10	0.0713	-0.0503	0.0302	0.0879	-0.0482	0.205	-0.0428	0.0778	0.4253	0.1475	0.0573	-0.2597	-0.2069	0.055	0	0.2809	-0.0261	-0.0251	0.2695	-0.0049	0.3054	-18.1656	17.7312	-2.8534
11	0.7181	-0.3266	-0.3241	0.8185	0.0759	0.3927	0.0299	-0.0347	-0.0865	0.0388	-0.0152	-0.1618	0.1018	0.0688	-0	0.2528	-0.006	-0.0321	0.2613	0.0129	0.2293	-17.3351	2.1213	6.0944
12	-0.0074	-0.0071	0.0072	-0.0123	0.0568	0.0098	0.1951	0.1102	-0.8122	0.1495	0.071	-0.3701	0.7813	0.1761	0.0006	0.3455	0.0191	-0.0323	0.3011	0.0142	0.3518	-19.5545	-6.9195	4.2268
13	0.0989	-0.1106	-0.2935	0.2215	-0.0223	0.0111	-0.005	0.2179	-0.229	-0.0439	-0.0018	0.169	-0.0201	-0.0211	0	0.2673	-0.0198	0.0048	0.2537	-0.0278	0.2822	-27.5806	-5.9889	-3.232
14	0.0569	0.0087	0.0406	0.1052	0.0476	0.077	0.1664	0.0763	-0.1023	-0.2648	0.233	0.5194	0.2089	-0.2657	-0.0001	0.27	-0.0402	-0.0277	0.3365	0.0211	0.3437	-35.0875	0.5503	-6.5176
15	0.1989	-0.0124	-0.1453	-0.0084	0.1424	0.0369	-0.0395	0.1951	-0.0548	-0.0976	0.0253	0.0988	0.1252	-0.0415	-0	0.2566	0.0001	-0.0011	0.2909	0.0034	0.2763	-35.1852	6.4751	1.2987
16	0.0974	-0.049	0.0107	0.0532	0.0376	0.116	-0.2372	-0.6578	0.5039	0.2839	0.2082	0.2376	-0.245	-0.0397	0.0002	0.3865	0.0112	-0.0029	0.414	-0.0288	0.412	-44.8368	16.3147	8.5343
17	0.3347	0.164	0.0676	0.062	0.0769	0.8457	-0.0047	0.0818	0.0734	-0.1075	0.0328	-0.0241	-0.0968	-0.0632	0	0.3081	-0.0038	0.0167	0.2891	-0.0014	0.2709	-30.0522	16.882	-36.2648
18	-0.0011	0.1725	-0.0842	0.1579	0.0531	0.0874	0.0706	-0.0707	0.3101	-0.1099	0.0305	-0.2067	-0.23	0.3481	0	0.269	-0.0604	0.0533	0.3058	0.0254	0.2942	-21.5496	21.4718	-36.515
19	1.3395	-0.1273	0.5282	0.755	-0.0689	0.3631	-0.0468	0.2192	0.3315	-0.2359	0.0502	0.1457	-0.1698	-0.1221	0	0.3692	-0.0059	-0.0042	0.2961	0.0421	0.2657	-37.0959	23.1733	-45.388
20	0.0814	0.0539	-0.0453	-0.0174	0.0136	0.0071	0.2772	0.3755	0.3175	-0.3593	-0.0192	0.7716	-0.3239	-0.5307	0.0009	0.3952	0.0352	-0.0222	0.3453	0.0228	0.366	-46.4119	21.8742	-43.4342
21	0.2886	-0.1506	0.0803	0.3475	-0.1476	0.0899	-0.0295	-0.2193	-0.1277	0.1961	-0.0592	0.2061	0.1601	0.0226	-0.0003	0.2807	-0.003	0.0144	0.2893	-0.0095	0.277	-46.0589	13.7853	-36.0233
22	0.0711	-0.0322	-0.0155	-0.0192	-0.0077	0.0396	0.1064	-0.7599	-0.2522	0.5313	0.007	0.6421	0.6566	-0.2633	0.0001	0.36	-0.0195	0.0161	0.2916	0.0195	0.3304	-40.1119	5.8644	-32.5999
23	-0.2016	-0.3873	-0.0847	0.1601	0.1135	-0.005	0.048	-0.1255	0.1414	0.2082	-0.0064	0.027	0.1926	-0.1353	0	0.3257	-0.0126	0.0062	0.2624	0.0079	0.2398	-34.1245	5.3323	-40.5259
24	0.0475	-0.0255	-0.0361	0.1096	-0.0427	0.1165	-0.1759	0.3975	-0.7401	-0.8746	0.1782	-0.6142	0.0443	0.4069	-0.0003	0.4077	0.0346	0.0643	0.3858	0.0112	0.3506	-24.9659	-4.9213	-47.8614
25	0.4944	0.2359	-0.0126	0.7352	0.2583	0.4458	0.0931	0.1109	-0.1328	-0.1078	-0.0541	-0.0258	0.0368	0.1449	-0	0.2514	0.0166	0.0077	0.3012	-0.0133	0.3148	-15.3866	1.1817	-24.5137
26	-0.0367	0.0406	-0.1741	-0.0052	-0.096	0.0538	0.0696	-0.0563	0.0986	0.1636	-0.0111	-0.1368	-0.1517	0.3389	-0.0001	0.2329	-0.0133	0.0043	0.3456	-0.0224	0.2993	-8.393	7.3995	-21.8647
27	0.6635	0.2145	0.1019	0.4128	-0.381	1.0705	0.0409	0.2823	-0.2929	-0.2826	-0.0337	-0.3143	0.3036	0.418	0.0001	0.3146	0.0818	0.0399	0.3934	-0.0437	0.3838	-9.7567	-5.9531	-34.0852
28	0.0045	0.0406	0.0278	0.003	0.0655	-0.0224	-0.033	0.7943	-0.5296	-0.4203	-0.0362	-0.4365	0.6103	0.4632	0.0011	0.4122	0.0315	0.0595	0.3965	-0.098	0.372	-16.6093	-9.8918	-39.3643
29	0.0522	-0.0061	0.11	0.0921	0.1319	0.4799	0.0046	-0.154	0.1149	0.2147	0.1286	-0.0159	0.3083	-0.3464	0	0.2545	-0.0115	-0.0113	0.2508	0.0011	0.2777	-25.9233	-7.8123	-33.6929
30	0.0601	-0.0187	0.0492	0.0234	0.0246	0.0558	-0.0593	0.0273	-0.0438	0.3604	0.1984	0.7755	0.098	-0.2955	-0	0.3579	-0.0287	-0.0115	0.3434	0.0248	0.3907	-28.7447	-6.3355	-23.31
31	0.0309	-0.0554	-0.2488	0.0162	-0.0676	0.1553	0.0386	0.0646	-0.0911	0.1475	0.0492	0.2053	-0.0195	-0.1036	-0	0.3068	0.0112	0.0002	0.2951	0.0059	0.3203	-20.3786	-9.3569	-18.8949
32	0.0741	-0.0794	-0.0151	0.033	-0.0651	0.059	0.1608	-0.7105	-0.2895	0.8543	-0.2604	0.2867	0.6456	0.046	0.0001	0.3602	0.0137	-0.0371	0.4187	0.025	0.4424	-15.801	-14.8833	-5.084
33	-0.0538	0.1676	0.0054	0.0264	0.0085	0.136	-0.0024	-0.0238	-0.0049	0.0153	0.0157	-0.0233	-0.0261	0.0158	-0.0001	0.2484	0.0015	0.0102	0.2483	-0.0031	0.2484	-30.7728	13.1106	-17.9663
34	2.1673	-2.3092	-0.0284	2.6015	-0.1698	3.5578	-0.0182	0.0622	-0.0166	-0.0048	-0.0549	-0.0797	-0.0906	0.0972	-0.0007	0.1377	-0.2176	0.0262	0.1887	-0.0159	0.3969	-28.7459	11.4472	-19.6359
35	0.8235	0.4779	-0.3995	0.263	-0.7121	-0.1074	0.0052	-0.1922	-0.0735	0.2621	-0.0287	-0.2829	-0.1593	0.2753	-0.0007	0.5761	0.2024	-0.1461	0.4872	0.0013	0.5586	-16.5627	12.1489	-18.5899
36	0.9739	0.1243	0.669	-0.0872	0.2504	0.3073	0.3637	-0.0577	-0.1818	-0.415	0.111	-0.0384	-0.4463	0.4156	-0.004	0.4364	-0.0178	0.0914	0.2176	0.0769	0.344	-35.6161	33.3287	-20.4991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:171 )	A	1 - 171
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 57:69 )	A	57 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 70:108 )	A	70 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 109:113 )	A	109 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 114:133 )	A	114 - 133
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 134:138 )	A	134 - 138
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 139:156 )	A	139 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 157:164 )	A	157 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 1:171 )	B	1 - 171
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 57:69 )	B	57 - 69
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 70:108 )	B	70 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 109:113 )	B	109 - 113
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 114:133 )	B	114 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 134:138 )	B	134 - 138
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 139:156 )	B	139 - 156
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 157:164 )	B	157 - 164
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 1:171 )	C	1 - 171
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 57:69 )	C	57 - 69
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 70:108 )	C	70 - 108
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 109:113 )	C	109 - 113
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN C AND RESID 114:133 )	C	114 - 133
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN C AND RESID 134:138 )	C	134 - 138
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN C AND RESID 139:156 )	C	139 - 156
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN C AND RESID 157:164 )	C	157 - 164
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 1:170 )	D	1 - 170
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 57:69 )	D	57 - 69
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 70:108 )	D	70 - 108
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN D AND RESID 109:113 )	D	109 - 113
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN D AND RESID 114:133 )	D	114 - 133
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN D AND RESID 134:138 )	D	134 - 138
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN D AND RESID 139:156 )	D	139 - 156
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN D AND RESID 157:164 )	D	157 - 164
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN A AND RESID 173:330 ) OR ( CHAIN C AND RESID 177:283 ) OR ( CHAIN B AND RESID 172:281 ) OR ( CHAIN D AND RESID 174:280 )	A	173 - 330
34	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN A AND RESID 173:330 ) OR ( CHAIN C AND RESID 177:283 ) OR ( CHAIN B AND RESID 172:281 ) OR ( CHAIN D AND RESID 174:280 )	C	177 - 283
35	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN A AND RESID 173:330 ) OR ( CHAIN C AND RESID 177:283 ) OR ( CHAIN B AND RESID 172:281 ) OR ( CHAIN D AND RESID 174:280 )	B	172 - 281
36	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN A AND RESID 173:330 ) OR ( CHAIN C AND RESID 177:283 ) OR ( CHAIN B AND RESID 172:281 ) OR ( CHAIN D AND RESID 174:280 )	D	174 - 280
37	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN A AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN C AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN B AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN D AND RESID 165:165 )	A	165
38	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN A AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN C AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN B AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN D AND RESID 165:165 )	C	165
39	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN A AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN C AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN B AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN D AND RESID 165:165 )	B	165
40	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN A AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN C AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN B AND RESID 165:165 ) OR ( CHAIN D AND RESID 165:165 )	D	165
41	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN A AND RESID 166:166 ) OR ( CHAIN C AND RESID 166:166 ) OR ( CHAIN B AND RESID 166:167 ) OR ( CHAIN D AND RESID 166:167 )	A	166
42	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN A AND RESID 166:166 ) OR ( CHAIN C AND RESID 166:166 ) OR ( CHAIN B AND RESID 166:167 ) OR ( CHAIN D AND RESID 166:167 )	C	166
43	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN A AND RESID 166:166 ) OR ( CHAIN C AND RESID 166:166 ) OR ( CHAIN B AND RESID 166:167 ) OR ( CHAIN D AND RESID 166:167 )	B	166 - 167
44	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN A AND RESID 166:166 ) OR ( CHAIN C AND RESID 166:166 ) OR ( CHAIN B AND RESID 166:167 ) OR ( CHAIN D AND RESID 166:167 )	D	166 - 167
45	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN A AND RESID 167:169 ) OR ( CHAIN C AND RESID 167:168 ) OR ( CHAIN B AND RESID 168:168 )	A	167 - 169
46	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN A AND RESID 167:169 ) OR ( CHAIN C AND RESID 167:168 ) OR ( CHAIN B AND RESID 168:168 )	C	167 - 168
47	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN A AND RESID 167:169 ) OR ( CHAIN C AND RESID 167:168 ) OR ( CHAIN B AND RESID 168:168 )	B	168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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