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- PDB-3e5a: Crystal structure of Aurora A in complex with VX-680 and TPX2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e5a
タイトルCrystal structure of Aurora A in complex with VX-680 and TPX2
要素
  • Serine/threonine-protein kinase 6
  • Targeting protein for Xklp2
キーワードTRANSFERASE / AURORA A / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / COFACTOR / TPX2 / VX-680 / INHIBITOR / PHOSPHORYLATION / ATP-binding / Cell cycle / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


importin-alpha family protein binding / Interaction between PHLDA1 and AURKA / activation of protein kinase activity / regulation of centrosome cycle / negative regulation of microtubule depolymerization / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex ...importin-alpha family protein binding / Interaction between PHLDA1 and AURKA / activation of protein kinase activity / regulation of centrosome cycle / negative regulation of microtubule depolymerization / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / microtubule nucleation / positive regulation of oocyte maturation / pronucleus / mitotic centrosome separation / germinal vesicle / meiotic spindle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / mitotic spindle assembly / spindle midzone / intercellular bridge / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of protein binding / centriole / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of mitotic spindle organization / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / molecular function activator activity / AURKA Activation by TPX2 / liver regeneration / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / mitotic spindle organization / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / kinetochore / response to wounding / spindle / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic spindle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / peptidyl-serine phosphorylation / microtubule cytoskeleton / midbody / protein autophosphorylation / basolateral plasma membrane / molecular adaptor activity / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / microtubule / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynaptic density / ciliary basal body / protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
TPX2 / Aurora-A binding / TPX2, C-terminal / TPX2 central domain / Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain / Aurora-A binding / Cell cycle regulated microtubule associated protein / Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...TPX2 / Aurora-A binding / TPX2, C-terminal / TPX2 central domain / Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain / Aurora-A binding / Cell cycle regulated microtubule associated protein / Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VX6 / Aurora kinase A / Targeting protein for Xklp2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhao, B. / Smallwood, A. / Lai, Z.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Modulation of kinase-inhibitor interactions by auxiliary protein binding: crystallography studies on Aurora A interactions with VX-680 and with TPX2.
著者: Zhao, B. / Smallwood, A. / Yang, J. / Koretke, K. / Nurse, K. / Calamari, A. / Kirkpatrick, R.B. / Lai, Z.
履歴
登録2008年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 6
B: Targeting protein for Xklp2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7194
ポリマ－36,1582
非ポリマー5612
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-16.1 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.186, 89.097, 88.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 6 / Aurora kinase A / Aurora-A / Serine/threonine kinase 15 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / Aurora- ...Aurora kinase A / Aurora-A / Serine/threonine kinase 15 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / Aurora-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor-amplified kinase


分子量: 31173.727 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 122-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AURKA, AIK, ARK1, AURA, BTAK, STK15, STK6 / プラスミド: pDest17 tev Aurora A 125-391 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Targeting protein for Xklp2 / TPX2 / Restricted expression proliferation-associated protein 100 / p100 / Differentially expressed ...TPX2 / Restricted expression proliferation-associated protein 100 / p100 / Differentially expressed in cancerous and non-cancerous lung cells 2 / DIL-2 / Protein fls353 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 519


分子量: 4984.162 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-43 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPX2, C20orf1, C20orf2, DIL2, HCA519 / プラスミド: pDest17 tev Aurora A 125-391 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ULW0
#3: 化合物 ChemComp-VX6 / CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE / VX-680


分子量: 464.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N8OS / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 16% PEG 3350 and 0.2 M Lithium sulfate buffered with 100 mM Bis-Tris, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 15823 / Num. obs: 15365 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1215 / Rsym value: 0.272 / % possible all: 78.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0006精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OL5

1ol5


解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 20.125 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.487 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25585 833 6.1 %RANDOM
Rwork0.20318 ---
obs0.20628 12814 87.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.61 Å20 Å20 Å2
2---4.1 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2437 0 38 58 2533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.9823434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7565293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.28123.065124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50415433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9671521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3480.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7421.51524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23922389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1531167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3814.51042
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 61 -
Rwork0.266 709 -
obs--68.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6118-0.03880.41471.27950.0572.272-0.00330.11860.1066-0.13060.0089-0.0564-0.06140.0592-0.0057-0.1169-0.02480.0408-0.14520.0429-0.104335.581129.449611.1252
22.64040.7602-1.19173.1352-0.70632.3875-0.06750.145-0.2026-0.21450.05060.02070.2305-0.05440.0169-0.134-0.0366-0.0337-0.108-0.0331-0.060621.7397.739516.2842
31.1103-2.715-0.97027.63310.10166.03620.11851.05430.3923-0.3527-0.3477-0.3617-0.07150.34160.2292-0.1101-0.12040.0377-0.04060.0813-0.05338.214330.24712.2321
48.93883.70353.78753.42995.46529.61280.55651.5795-0.19-1.1112-0.15850.3550.4492-0.3386-0.3980.3617-0.07840.19380.43120.09660.241334.093616.2306-6.2667
545.088-28.1176-28.93628.90268.559426.48520.0256-0.93270.37930.12530.5374-0.06990.0847-0.0826-0.563-0.2962-0.0671-0.1385-0.16550.0067-0.05625.720327.215518.4512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA125 - 2124 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2AA213 - 38992 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3BB6 - 216 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4BB26 - 4226 - 42
5X-RAY DIFFRACTION5AC500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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