PDB-3e3x: The C-terminal part of BipA protein from Vibrio parahaemolyticus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e3x

タイトル

The C-terminal part of BipA protein from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

要素

BipA

キーワード

HYDROLASE / BipA protein / MCSG / PSI2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / GTP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Nocek, B. / Mulligan, R. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The C-terminal part of BipA protein from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
著者: Nocek, B. / Mulligan, R. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e3x.cif.gz	74.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e3x.ent.gz	62.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6mi6-d 5usf-2 6laz-d 6lax-d 3zby-3 5jq2-d 5e8j-d 6l1a-d 4b91-d 6yn0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc91207.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (10) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (10) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (5) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: BipA

ヘテロ分子

37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BipA

ヘテロ分子

A: BipA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
75.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.600, 104.571, 74.348
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1172- HOH

詳細

authors state that the biological assembly is unknown

#1: タンパク質	BipA 分子量: 37423.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: bipA, VP0122 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9L5X8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 20 % PEG 4k 10% Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 25871 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29.8
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
MLPHARE		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.06 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	1314	5.1 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.174	24524	99.6 %	-
all	-	25838	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2261	0	13	203	2477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.845	1.992	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.989	3	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.465	5	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.381	24.144	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.358	15	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.382	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.306	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.55	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.39	1.5	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.312	1.5	589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.597	2	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.065	3	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.618	4.5	815
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	94	-
R_work	0.182	1734	-
obs	-	-	97.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	35.8683	-10.1374	4.3224	8.3907	0.332	9.4398	0.2553	0.2199	-1.0146	-0.2296	0.3359	0.8684	0.0151	-0.5998	-0.5912	0.0501	-0.0354	-0.0295	0.0706	0.0958	0.2702	35.7079	24.3392	-10.5653
2	2.2144	0.2615	0.2668	4.0408	-0.51	2.7881	-0.0093	0.0157	-0.0281	0.2097	-0.0652	-0.0896	0.2825	0.2559	0.0745	0.1532	0.0373	0.018	0.0836	-0.0015	0.0818	47.059	8.1474	1.9697
3	6.6023	-3.1306	4.4966	9.1942	-3.8206	4.3966	0.1193	0.0713	-0.0668	-0.464	0.0941	0.6455	0.1661	-0.134	-0.2134	0.1402	-0.0064	-0.0372	0.0728	0.0047	0.1524	35.4485	6.6318	-5.861
4	16.0327	-0.1582	-3.1225	10.7141	-1.8431	8.9108	0.108	0.4749	0.1266	-1.3517	0.2532	2.0972	0.1968	-0.3214	-0.3612	0.0555	-0.0438	-0.2873	-0.0246	0.0971	0.2961	32.2731	15.3977	-11.7151
5	11.8373	-12.3515	-0.9003	24.5836	-1.1631	3.25	0.2871	0.4228	0.231	-0.9871	-0.1346	0.3087	0.1763	0.1803	-0.1525	0.125	-0.0307	-0.0594	0.0914	0.0165	0.0159	41.4554	15.0474	-10.8354
6	6.0965	-3.5159	-4.0886	21.941	-7.6243	9.1105	-0.0971	-0.0527	0.336	0.8824	0.4475	0.1148	-0.4995	-0.6272	-0.3504	0.1128	0.0498	0.0238	0.0799	0.0076	0.1834	34.2534	19.7671	0.1455
7	3.9297	1.2235	-0.8369	3.653	-4.1982	4.9168	0.1621	-0.057	0.3091	0.2418	-0.0606	0.358	-0.2102	0.0667	-0.1015	0.1682	0.0253	0.0293	0.0825	-0.0269	0.1455	40.0046	13.087	1.6655
8	4.2152	2.6574	-3.0543	12.2573	-18.2615	30.5344	-0.2528	0.3786	-0.1889	-0.4326	0.4214	0.0705	0.5212	-0.5892	-0.1686	0.0753	-0.0145	-0.0128	0.0942	-0.028	0.1485	39.6902	31.7153	-18.1183
9	2.8243	-0.4184	-1.245	1.6255	1.5964	5.4296	-0.1586	-0.1895	0.0554	0.2957	-0.1631	0.1215	-0.093	-0.2087	0.3217	0.1418	0.0175	-0.0058	0.0439	-0.0125	0.133	33.7741	41.9942	0.2785
10	9.7541	-1.8984	-1.1924	4.1419	3.128	5.4972	0.0353	-0.0482	0.4743	0.0398	0.0808	-0.2804	-0.2419	0.2465	-0.1161	0.127	-0.0263	0.0111	0.0044	-0.0201	0.1456	37.114	45.8401	-1.2316
11	2.1435	-1.0634	-0.9052	1.8852	1.2785	3.5539	-0.1191	-0.2933	0.0662	0.4074	-0.0149	0.0223	0.1527	-0.1873	0.134	0.1587	-0.0119	0.034	0.1095	-0.0668	0.146	29.8553	44.2819	2.4988
12	7.7004	-0.6453	-3.7072	14.0221	8.1007	38.7385	-0.2658	-0.4087	0.0738	0.5106	-0.1948	-0.3855	0.9983	1.0138	0.4606	0.1749	0.0719	-0.0084	0.0051	0.0177	0.1087	39.0681	36.4589	5.9491
13	3.3471	-0.1632	-1.558	0.4799	1.3961	8.3077	0.0057	-0.024	0.0239	0.2346	-0.064	-0.0087	0.0052	-0.2078	0.0582	0.138	0.0336	0.006	-0.0509	-0.0016	0.1643	34.659	37.2686	-3.6881
14	19.1175	-21.1033	10.416	23.2953	-11.498	5.6751	1.0199	0.7038	-0.0348	-0.7965	-0.2111	-1.4368	-0.9167	-0.6131	-0.8089	0.8333	0.1077	-0.2235	0.3785	0.1005	0.4932	52.1778	33.4876	0.7094
15	2.1751	-0.3932	-1.5024	4.983	2.5795	4.497	-0.0588	-0.3879	0.1171	0.6022	0.2488	-0.3764	0.3035	0.7519	-0.1901	0.1127	0.0423	-0.124	0.202	-0.0198	0.1061	61.2746	18.9803	15.8728
16	1.8283	-0.896	0.8004	7.0962	-0.5404	9.3196	0.0062	-0.5224	0.2345	0.3449	-0.1136	-0.0023	-0.2239	0.3903	0.1074	0.1179	0.0089	-0.0585	0.1679	-0.0267	0.06	56.6722	23.4696	16.386
17	2.9891	-0.4031	-0.0939	2.0041	0.6401	3.7441	-0.0441	-0.1142	0.2146	0.2515	0.0506	-0.2716	-0.2055	0.4015	-0.0065	0.0954	0.0079	-0.0724	0.1433	0.0034	0.1311	59.6041	21.5182	8.6163
18	1.9418	-0.2058	1.5786	0.1939	0.4753	3.6828	0.0117	-0.1477	-0.2092	0.1104	-0.0284	-0.0835	-0.1274	0.2792	0.0166	0.154	-0.0496	-0.0089	0.3067	-0.013	0.1123	52.3867	23.0408	18.3738
19	12.3614	-3.6883	-5.1853	9.3314	4.6111	10.7953	-0.0831	0.1105	0.6372	-0.0757	-0.1396	0.3914	-0.5721	-0.1373	0.2228	0.105	0.0163	-0.0672	0.0393	0.0225	0.162	47.7703	25.0052	1.0909
20	8.2007	1.9692	-1.6736	2.2327	-0.1392	2.567	-0.0091	0.1375	0.108	0.065	0.0319	-0.1044	0.1073	0.3227	-0.0228	0.1123	0.0353	-0.04	0.1277	0.0114	0.0799	55.1798	15.9601	0.845

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	49 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	64 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	75 - 86
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	87 - 96
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	97 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	109 - 119
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	120 - 138
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	139 - 153
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	154 - 171
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	172 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	183 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	204 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 229
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	230 - 239
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	240 - 261
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	262 - 289
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	290 - 300
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	301 - 325

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)