PDB-3e2x: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant V47A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e2x

タイトル

H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant V47A

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Rowlett, R.S. / Lee, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Evidence for a bicarbonate "escort" site in Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase .
著者: Rowlett, R.S. / Hoffmann, K.M. / Failing, H. / Mysliwiec, M.M. / Samardzic, D.

履歴

登録	2008年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e2x.cif.gz	87.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e2x.ent.gz	64.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e31C 3e3fC 3e3gC 3e3iC 2a8dS 2a8c 3e24 3e28 3e2a 3e2w S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e24-1 3e31-1 3e1v-1 4wam-1 3zs9-d 3e3f-1 4wak-1 3wia-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.141, 133.317, 143.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / E.C.4.2.1.1 / Carbonate dehydratase 2 分子量: 26258.932 Da / 分子数: 2 / 変異: V47A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 1.7 M ammonium sulfate, 4% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.974 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.974 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→38.322 Å / Num. obs: 14811 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.094 / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.55-2.69	3.2	0.482	1.6	5786	1799	0.482	82
2.69-2.85	4	0.334	2.3	7907	1997	0.334	94.6
2.85-3.05	4.2	0.283	2.6	8428	1990	0.283	99.3
3.05-3.29	4.2	0.187	4	7788	1842	0.187	99.3
3.29-3.61	4.2	0.108	6.8	7216	1701	0.108	98.9
3.61-4.03	4.2	0.076	9.2	6492	1536	0.076	98.7
4.03-4.66	4.2	0.061	10.4	5652	1346	0.061	98.4
4.66-5.7	4.2	0.058	11	4802	1156	0.058	98.1
5.7-8.06	4.1	0.057	11.3	3744	920	0.057	97.7
8.06-38.32	3.6	0.046	11.5	1906	524	0.046	95.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.55 Å	38.32 Å
Translation	2.55 Å	38.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.19	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8D

2a8d

解像度: 2.55→33.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / WR_factor R_free: 0.25 / WR_factor R_work: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.79 / SU B: 25.918 / SU ML: 0.263 / SU R Cruickshank DPI: 0.662 / SU R_free: 0.345 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.633 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	743	5 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
all	0.214	14808	-	-
obs	0.214	14808	95.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.97 Å² / B_iso mean: 48.095 Å² / B_iso min: 31.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→33.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2920	0	27	0	2947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.939	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.944	3.002	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.483	5	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.895	24	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.662	15	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.9	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.152	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.101	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.696	1.5	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.097	1.5	752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.876	2	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.382	3	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.077	4.5	1152

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	51	-
R_work	0.268	817	-
all	-	868	-
obs	-	-	77.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2335	-0.5486	0.2541	2.323	0.8838	1.6349	0.002	-0.0469	-0.4769	0.1465	0.0143	0.1339	0.4002	0.093	-0.0164	-0.0219	0.0482	0.0118	-0.1705	0.0273	-0.0235	-2.557	-18.738	-37.913
2	3.2188	0.3516	0.1456	1.2931	0.6863	2.602	0.0252	-0.4043	-0.1962	0.3414	-0.0366	-0.0043	0.2607	0.0593	0.0113	-0.0465	0.022	0.0402	-0.102	0.0356	-0.0855	-8.966	-3.467	-17.024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	34 - 215	34 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	34 - 219	34 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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