PDB-3e2i: Crystal structure of Thymidine Kinase from S. aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e2i

タイトル

Crystal structure of Thymidine Kinase from S. aureus

要素

Thymidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / ZN-BINDING / ATP-binding / DNA synthesis / Kinase / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Lam, R. / Johns, K. / Battaile, K.P. / Romanov, V. / Lam, K. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Thymidine Kinase from S. aureus
著者: Lam, R. / Johns, K. / Battaile, K.P. / Romanov, V. / Lam, K. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.

履歴

登録	2008年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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-
関連構造データ

類似構造データ	3dj1-3 2j9r-1 3uw9-d 2ja1-1 1fd4-d 4hpv-d 4lrv-2 5xtz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidine kinase

ヘテロ分子

24.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidine kinase

ヘテロ分子

A: Thymidine kinase

ヘテロ分子

A: Thymidine kinase

ヘテロ分子

A: Thymidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.621, 71.621, 96.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	93
Space group name H-M	P4₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-225- HOH
2	1	A-247- HOH

#1: タンパク質	Thymidine kinase 分子量: 24745.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: tdk / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus RIPL / 参照: UniProt: Q0H0G9, thymidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M succinic acid pH 7.0, 15% PEG3350, cryo-protected using 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 0.979331 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月17日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979331 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 17226 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 24.5 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1.687

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.01-2.08	22.9	0.183	1649	0.836	1	97.9
2.08-2.17	25.2	0.157	1684	0.92	1	100
2.17-2.26	25.2	0.123	1687	1.025	1	100
2.26-2.38	25.2	0.105	1695	1.135	1	100
2.38-2.53	25.1	0.093	1710	1.285	1	100
2.53-2.73	25.1	0.082	1702	1.591	1	100
2.73-3	24.9	0.07	1716	1.762	1	100
3-3.44	24.8	0.059	1736	1.972	1	100
3.44-4.33	24.5	0.048	1762	2.431	1	100
4.33-50	22.6	0.053	1885	3.813	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	2.01	44.81	14469	2733
ANO_1	0.431	0	2.01	44.81	14468	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	8.83-44.81	0	122	124
ISO_1	6.31-8.83	0	259	135
ISO_1	5.17-6.31	0	353	134
ISO_1	4.48-5.17	0	436	138
ISO_1	4.01-4.48	0	491	133
ISO_1	3.67-4.01	0	556	142
ISO_1	3.4-3.67	0	604	135
ISO_1	3.18-3.4	0	667	140
ISO_1	3-3.18	0	707	134
ISO_1	2.84-3	0	748	143
ISO_1	2.71-2.84	0	792	141
ISO_1	2.6-2.71	0	833	132
ISO_1	2.5-2.6	0	858	141
ISO_1	2.41-2.5	0	914	130
ISO_1	2.32-2.41	0	942	143
ISO_1	2.25-2.32	0	961	140
ISO_1	2.18-2.25	0	1007	133
ISO_1	2.12-2.18	0	1048	139
ISO_1	2.07-2.12	0	1075	141
ISO_1	2.01-2.07	0	1096	135
ANO_1	8.83-44.81	0.252	122	0
ANO_1	6.31-8.83	0.272	259	0
ANO_1	5.17-6.31	0.279	353	0
ANO_1	4.48-5.17	0.319	436	0
ANO_1	4.01-4.48	0.321	491	0
ANO_1	3.67-4.01	0.342	556	0
ANO_1	3.4-3.67	0.359	604	0
ANO_1	3.18-3.4	0.377	667	0
ANO_1	3-3.18	0.38	707	0
ANO_1	2.84-3	0.386	748	0
ANO_1	2.71-2.84	0.44	792	0
ANO_1	2.6-2.71	0.448	833	0
ANO_1	2.5-2.6	0.485	858	0
ANO_1	2.41-2.5	0.52	914	0
ANO_1	2.32-2.41	0.554	942	0
ANO_1	2.25-2.32	0.597	961	0
ANO_1	2.18-2.25	0.648	1007	0
ANO_1	2.12-2.18	0.67	1048	0
ANO_1	2.07-2.12	0.715	1075	0
ANO_1	2.01-2.07	0.81	1095	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	46.03	55.078	3.726	SE	23.31	0.81
2	36.775	57.097	2.459	SE	24.91	0.8
3	46.323	57.238	16.471	SE	33.68	0.86
4	34.161	56.851	6.515	SE	24.66	0.5
5	18.527	51.139	13.257	SE	48.97	0.75
6	56.566	64.91	6.367	SE	33.06	0.43

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 17202

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.86-100	66.4	0.819	506
5.38-6.86	60.2	0.895	503
4.67-5.38	60.5	0.932	510
4.21-4.67	53.4	0.929	506
3.9-4.21	55	0.932	506
3.66-3.9	57.2	0.938	504
3.47-3.66	59.2	0.923	515
3.31-3.47	58.5	0.916	523
3.17-3.31	55.1	0.921	539
3.04-3.17	58.2	0.918	585
2.93-3.04	62.7	0.918	588
2.83-2.93	56.2	0.916	610
2.74-2.83	53.6	0.912	620
2.66-2.74	58.3	0.907	663
2.58-2.66	58.4	0.897	676
2.51-2.58	59	0.892	691
2.45-2.51	60.2	0.895	701
2.39-2.45	57.1	0.896	707
2.33-2.39	59.1	0.886	739
2.28-2.33	59.9	0.892	770
2.23-2.28	63.3	0.907	748
2.19-2.23	63.3	0.888	788
2.14-2.19	59	0.887	804
2.1-2.14	63	0.891	791
2.07-2.1	63.3	0.858	853
2.01-2.07	69.7	0.815	1256

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0043	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
JDirector		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.01→44.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.633 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	871	5.1 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.203	17194	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 40.04 Å² / B_iso mean: 17.265 Å² / B_iso min: 6.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→44.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1341	0	7	58	1406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.228	1.964	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.989	5	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.164	24.138	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.375	15	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.378	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.681	1.5	875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.309	2	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.255	3	502
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.701	4.5	437

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.014-2.066	0.279	55	0.202	1176	1232	99.919
2.066-2.122	0.232	73	0.2	1145	1218	100
2.122-2.184	0.192	65	0.194	1123	1188	100
2.184-2.251	0.27	71	0.191	1072	1143	100
2.251-2.324	0.211	48	0.179	1052	1100	100
2.324-2.406	0.202	54	0.193	1024	1078	100
2.406-2.496	0.234	53	0.197	991	1044	100
2.496-2.598	0.295	58	0.231	941	999	100
2.598-2.713	0.253	45	0.234	919	964	100
2.713-2.845	0.306	48	0.223	888	936	100
2.845-2.998	0.309	47	0.226	840	887	100
2.998-3.179	0.266	51	0.213	788	839	100
3.179-3.397	0.269	37	0.215	773	810	100
3.397-3.668	0.188	42	0.194	696	738	100
3.668-4.015	0.211	29	0.181	665	694	100
4.015-4.484	0.14	24	0.174	600	624	100
4.484-5.17	0.254	23	0.164	551	574	100
5.17-6.31	0.208	20	0.22	468	488	100
6.31-8.837	0.201	16	0.208	377	394	99.746
8.837-44.811	0.286	12	0.26	234	258	95.349

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.937 Å / Origin y: 13.481 Å / Origin z: 12.536 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1067 Å²	0.0002 Å²	-0.0117 Å²	-	0.0441 Å²	-0.0359 Å²	-	-	0.0789 Å²
L	1.877 °²	-0.2124 °²	-0.0657 °²	-	0.7463 °²	-0.2179 °²	-	-	1.8932 °²
S	0.003 Å °	-0.0797 Å °	0.1575 Å °	0.1532 Å °	-0.0289 Å °	-0.0553 Å °	-0.3488 Å °	-0.0403 Å °	0.0258 Å °

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