PDB-3e1w: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant D44N in 100 mM sod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e1w

タイトル

H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant D44N in 100 mM sodium bicarbonate

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / beta-carbonic anhydrase / active site mutant / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Rowlett, R.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Allosteric site variants of Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase.
著者: Rowlett, R.S. / Tu, C. / Lee, J. / Herman, A.G. / Chapnick, D.A. / Shah, S.H. / Gareiss, P.C.

履歴

登録	2008年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e1w.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e1w.ent.gz	64.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e1vC 3e24C 3e28C 3e2aC 3e2wC 2a8dS 2a8c S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2woj-1 6dqx-d 3eqo-1 2xqk-d 2wsl-d 3djy-d 6hmy-1 5tft-3 3e31-1 2uvf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

52.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.450, 78.450, 182.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase 2 分子量: 26286.000 Da / 分子数: 2 / 変異: D44N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, 0.8 M sodium acetate, 100 mM sodium bicarbonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F2 / 波長: 0.95 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→72.257 Å / Num. all: 176697 / Num. obs: 18278 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 23.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.6-2.74	6.4	0.538	1.4	15941	2500	0.538	96
2.74-2.91	8.8	0.419	1.8	21697	2479	0.419	99.7
2.91-3.11	10.7	0.274	2.7	24981	2341	0.274	99.9
3.11-3.36	10.9	0.188	3.5	23937	2194	0.188	99.9
3.36-3.68	10.9	0.137	4.7	22145	2039	0.137	100
3.68-4.11	10.7	0.11	5.7	19907	1855	0.11	99.8
4.11-4.75	10.4	0.094	6.2	17248	1652	0.094	100
4.75-5.81	10.2	0.09	6.9	14382	1414	0.09	99.9
5.81-8.22	9.6	0.081	6.9	10928	1135	0.081	99.9
8.22-29.8	8.3	0.074	7.4	5531	669	0.074	97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8D

2a8d

解像度: 2.6→29.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.232 / WR_factor R_work: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.846 / SU B: 18.794 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.419 / SU R_free: 0.267 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	929	5.1 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.216	18161	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.09 Å² / B_iso mean: 63.128 Å² / B_iso min: 40.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2890	0	2	13	2905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.93	4014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.866	3.002	4758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.28	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.957	23.824	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.161	15	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.693	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.203	0.2	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.3	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.205	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.816	1.5	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.099	1.5	745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1	2	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.234	3	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.856	4.5	1110

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	61	-
R_work	0.271	1187	-
all	-	1248	-
obs	-	-	94.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3012	-0.4901	-0.7619	1.9839	-0.5313	2.2724	0.31	0.3203	0.0495	-0.4815	-0.2445	-0.1938	0.2738	0.0665	-0.0654	0.0542	0.0296	0.0772	-0.1004	0.0465	-0.0891	62.644	51.387	165.707
2	2.4277	0.4516	0.2703	3.1029	-0.8507	2.5609	0.1656	-0.2385	-0.291	-0.0086	-0.0751	-0.2966	0.4162	0.2165	-0.0905	-0.0434	-0.0084	-0.0394	-0.1136	0.0728	0.0003	65.143	41.028	188.446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	34 - 215	34 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	34 - 215	34 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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