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万見
- PDB-3e15: 6-phosphogluconolactonase from Plasmodium vivax -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+15
タイトル6-phosphogluconolactonase from Plasmodium vivax
要素Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
キーワードHYDROLASE / 6-phosphogluconolactonase / malaria / Carbohydrate metabolism / Glucose metabolism / NADP / Oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / glucose metabolic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase / Glucose-6-phosphate dehydrogenase / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD-binding / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / NAD(P)-binding domain superfamily ...Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase / Glucose-6-phosphate dehydrogenase / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD-binding / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / : / glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Arakaki, T.L. / Merritt, E.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 6-phosphogluconolactonase from Plasmodium vivax
著者: Arakaki, T.L. / Merritt, E.A.
履歴
登録2008年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月13日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct_conn / struct_keywords
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_keywords.text
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
C: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
D: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,06914
ポリマ－146,6744
非ポリマー39510
水13,547752
1
A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
B: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5347
ポリマ－73,3372
非ポリマー1985
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
2
D: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5347
ポリマ－73,3372
非ポリマー1985
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.524, 80.846, 89.765
Angle α, β, γ (deg.)63.980, 88.100, 80.010
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase


分子量: 36668.391 Da / 分子数: 4 / 断片: structures 1-304, 6-phosphogluconolactonase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pviv003883AAE PlasmoDB PB001310.02.0
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVX_117790 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A5K3M1, 6-phosphogluconolactonase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 17% PEG 1000, 0.1 M potassium chloride, 0.1 M sodium acetate, 5 mM DTT, pH 5.0, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→80.582 Å / Num. obs: 76585 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.045

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
SOLVE2.12位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 3.153 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 3839 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.152 76395 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.52 Å2 / Biso mean: 18.272 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å2-0.15 Å20.04 Å2
2---0.02 Å20.61 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9740 0 18 752 10510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0229963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0921.95913498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79316313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8951225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.525.544487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.755151863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8041524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1241.55946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3411.52394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99829698
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.15334017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8664.53770
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 295 -
Rwork0.138 5248 -
all-5543 -
obs--96.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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