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万見
- PDB-3e0c: Crystal Structure of DNA Damage-Binding protein 1(DDB1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e0c
タイトルCrystal Structure of DNA Damage-Binding protein 1(DDB1)
要素DNA damage-binding protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 / DDB1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / Host-virus interaction / Nucleus / Phosphoprotein / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex ...positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / viral release from host cell / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / nucleotide-excision repair / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / damaged DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #910 / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...DNA polymerase; domain 1 - #910 / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / DNA polymerase; domain 1 / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Xu, L. / Hao, H. / Bountra, C. / Wickstroem, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2011
タイトル: Structure and function of WD40 domain proteins.
著者: Xu, C. / Min, J.
履歴
登録2008年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,0971
ポリマ－127,0971
非ポリマー00
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.607, 124.153, 167.822
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / Damage-specific DNA-binding protein 1 / UV-damaged DNA-binding factor / DDB p127 subunit / DNA ...Damage-specific DNA-binding protein 1 / UV-damaged DNA-binding factor / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe / XPE-binding factor / XPE-BF / HBV X-associated protein 1 / XAP-1


分子量: 127097.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q16531
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis tris, pH 6.5,0.2 M Lithium sulfate, 25% PEG 3350, 1:6000 Protein:Chymotrypsin , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 51628 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.212
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.447.30.90325230.922100
2.44-2.497.40.8425550.954100
2.49-2.537.40.78325161.019100
2.53-2.597.40.64925690.949100
2.59-2.647.40.53825290.951100
2.64-2.77.40.45725741.043100
2.7-2.777.40.36925141100
2.77-2.857.40.29625761.006100
2.85-2.937.40.2425531.031100
2.93-3.027.40.1925511.055100
3.02-3.137.40.15525681.1100
3.13-3.267.40.11725581.148100
3.26-3.417.40.09325651.21100
3.41-3.587.30.07925801.32100
3.58-3.817.30.06825911.358100
3.81-4.17.30.06226021.474100
4.1-4.527.20.06126142.036100
4.52-5.177.10.05926342.367100
5.17-6.516.90.0526461.425100
6.51-506.80.02628100.88399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B5M

2b5m


解像度: 2.41→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 16.809 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2623 5.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.227 51552 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 196.35 Å2 / Biso mean: 24.249 Å2 / Biso min: 2.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7545 0 0 187 7732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.96310492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9265993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59524.367300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.222151196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5511531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.25121
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7641.55164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33528023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86132888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8564.52469
LS精密化 シェル解像度: 2.405→2.468 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 199 -
Rwork0.282 3408 -
all-3607 -
obs--96.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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