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- PDB-3dzw: Structure of Narcissus pseudonarcissus lectin complex with Mannob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dzw
タイトルStructure of Narcissus pseudonarcissus lectin complex with Mannobiose at 1.7 A resolution, form II
要素Agglutinin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / AGGLUTININ / MANNOBIOSE / MANNOSE-ALPHA1 / 3-MANNOSE / DAFFODIL
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3alpha-alpha-mannobiose / PHOSPHATE ION / Dimeric mannose specific lectin protein
類似検索 - 構成要素
生物種Narcissus pseudonarcissus (ラッパズイセン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Ozbey, S. / Sauerborn, M.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Narcissus pseudonarcissus lectin complex with Mannobiose at 1.7 A resolution, form II
著者: Rizkallah, P.J. / Ozbey, S. / Sauerborn, M.K.
履歴
登録2008年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin
B: Agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,94813
ポリマ－24,4192
非ポリマー2,52911
水5,314295
1
A: Agglutinin
ヘテロ分子

A: Agglutinin
ヘテロ分子

B: Agglutinin
ヘテロ分子

B: Agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,89526
ポリマ－48,8384
非ポリマー5,05722
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation2_664-x+1,-y+1,z-1/21
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
2
A: Agglutinin
ヘテロ分子

A: Agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,04314
ポリマ－24,4192
非ポリマー2,62412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10340 Å2
手法PISA
3
B: Agglutinin
ヘテロ分子

B: Agglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,85312
ポリマ－24,4192
非ポリマー2,43410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area5590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.003, 102.011, 74.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 109 / Label seq-ID: 1 - 109

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2AA

-
要素

#1: タンパク質 Agglutinin


分子量: 12209.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: bulb
由来: (天然) Narcissus pseudonarcissus (ラッパズイセン)
株: Dutch Master cultivar / 参照: UniProt: Q40423*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose / 3alpha-alpha-mannobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3alpha-alpha-mannobiose
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 10 mg/ml in Phosphate buffered saline, containing up to 20mM beta-1,3 mannobiose, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.88
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI III SAGITALLY FOCUSED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→21.031 Å / Num. obs: 30200 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 99.2

-
位相決定

Phasing MRR rigid body: 0.363 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.835 / Cor.coef. Io to Ic: 0.684

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NPL

1npl


解像度: 1.7→21.031 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.22 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. The Ramachandran plot outliers are a feature of this structure, dictated by the tetrameric oligomerisation, driven by strong ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. The Ramachandran plot outliers are a feature of this structure, dictated by the tetrameric oligomerisation, driven by strong hydrophobicity which causes the deviation.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21279 1523 5 %RANDOM
Rwork0.18684 ---
obs0.18823 30180 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→21.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1716 0 163 295 2174
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5442.0222787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4613.0013109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.6065238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.4924.10595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.95315287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.7771515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1570.3305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.31334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.5988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.5885
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.5266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0130.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0670.312
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1720.371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2890.558
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9121488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.542470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19931859
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23841017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6496928
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 1399 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.380.5
medium thermal0.492
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 112 -
Rwork0.254 2080 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8710.2635-0.25710.3372-0.09950.23950.0576-0.04150.02530.0472-0.06790.06210.01070.01420.01030.0015-0.0176-0.007-0.0122-0.0074-0.015425.595338.425525.2583
21.07550.0904-0.19070.65240.09240.1410.0817-0.0878-0.10940.0495-0.08670.08470.01380.00780.0050.0062-0.0268-0.0114-0.00240.0112-0.021525.733235.682262.6282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1091 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1091 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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