PDB-3e4b: Crystal structure of AlgK from Pseudomonas fluorescens WCS374r

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e4b

タイトル

Crystal structure of AlgK from Pseudomonas fluorescens WCS374r

要素

AlgK

キーワード

PROTEIN BINDING / AlgK / tetratricopeptide repeat / superhelix / alginate biosynthesis / Pseudomonas

機能・相同性

Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Keiski, C.-L. / Harwich, M. / Jain, S. / Neculai, A.M. / Yip, P. / Robinson, H. / Whitney, J.C. / Burrows, L.L. / Ohman, D.E. / Howell, P.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: AlgK is a TPR-containing protein and the periplasmic component of a novel exopolysaccharide secretin.
著者: Keiski, C.L. / Harwich, M. / Jain, S. / Neculai, A.M. / Yip, P. / Robinson, H. / Whitney, J.C. / Riley, L. / Burrows, L.L. / Ohman, D.E. / Howell, P.L.

履歴

登録	2008年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e4b.cif.gz	311.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e4b.ent.gz	249.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/3e4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/3e4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3e2u-d 4iqt-d 3l51-d 1vgf-d 5j7k-2 1tue-4 4i2i-d 4i28-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AlgK

B: AlgK

C: AlgK

D: AlgK

ヘテロ分子

199 kDa, 4 ポリマー
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1

A: AlgK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: AlgK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: AlgK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: AlgK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.090, 107.820, 119.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	AlgK 分子量: 49616.281 Da / 分子数: 4 / 変異: C1M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: WCS374r / 遺伝子: algK / プラスミド: pET26a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus (DE3)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6 詳細: 10% (w/v) PEG 6000, 0.1M MES pH 6.0, 0.56mM CYMAL-6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.1

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月4日

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 14.4 % / 数: 706639 / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 2.29 / D res high: 2.8 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 49085 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.02	30		99.6	0.07	6.549	13.7
4.78	6.02	1100	99.6	0.091	3.975	14.5
4.18	4.78	3960	99.5	0.087	3.127	14.9
3.8	4.18	3638	99.4	0.106	2.391	15.1
3.53	3.8	8216	99.2	0.151	1.817	15.2
3.32	3.53	22960	99.1	0.205	1.469	15.3
3.15	3.32	14704	98.9	0.289	1.066	15.4
3.02	3.15	6529	98.9	0.443	0.856	15.2
2.9	3.02	7558	98.8	0.598	0.733	13.8
2.8	2.9		98.6	0.694	0.689	10.9

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 68665 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.49 % / B_iso Wilson estimate: 50.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 14.96

反射シェル

解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 7.53 % / R_merge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.8 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.34 / 反射: 44926

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.638	0.392	0.057	1.174
2	Se	60	0.208	0.324	0.442	1.257
3	Se	60	0.336	0.401	0.694	1.188
4	Se	60	0.212	0.483	0.347	1.247
5	Se	60	0.463	0.162	0.144	1.127
6	Se	60	0.81	0.519	0.969	0.967
7	Se	60	0.748	0.418	0.824	0.895
8	Se	60	0.052	0.567	0.474	0.872
9	Se	60	0.399	0.236	0.274	0.871
10	Se	60	0.977	0.404	0.238	0.785
11	Se	60	0.584	0.324	0.985	0.92
12	Se	60	0.939	0.354	0.226	0.781
13	Se	60	0.205	0.59	0.052	0.83
14	Se	60	0.96	0.608	0.752	1.039
15	Se	60	0.416	0.146	0.096	0.727
16	Se	60	0.959	0.28	0.875	0.723
17	Se	60	0.2	0.73	0.515	0.658
18	Se	60	0.44	0.404	0.55	0.67
19	Se	60	0.382	0.097	0.714	0.599
20	Se	60	0.928	0.557	0.744	0.48
21	Se	54.87	0.38	0.233	0.323	0.442
22	Se	60	0.07	0.469	0.537	0.587

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.85-30	0.51	2350
6.29-9.85	0.51	3993
4.95-6.29	0.48	5071
4.2-4.95	0.45	5917
3.72-4.2	0.38	6596
3.37-3.72	0.29	7089
3.1-3.37	0.21	7120
2.89-3.1	0.13	6790

Phasing dm

FOM : 0.61 / FOM acentric: 0.61 / FOM centric: 0.58 / 反射: 44926 / Reflection acentric: 43432 / Reflection centric: 1494

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8-29.426	0.96	0.96	0.88	2091	1888	203
5-8	0.88	0.88	0.71	6474	6139	335
4-5	0.85	0.85	0.69	8050	7763	287
3.5-4	0.71	0.71	0.55	7977	7739	238
3-3.5	0.43	0.43	0.32	13266	12965	301
2.8-3	0.2	0.2	0.15	7068	6938	130

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SOLVE	2.11	位相決定
RESOLVE	2.11	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→49.05 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28	3540	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.22	68663	99.8 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 62.59 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.773 Å²	0 Å²	1.004 Å²
2-	-	5.804 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.031 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.4 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.4 Å	0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11461	0	27	853	12341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	19.8
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.469	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.393	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.409	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.595	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.66 Å / R_factor R_free error: 0.014 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	565	5 %
R_work	0.264	10815	-
obs	-	-	100 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	GOL_PARAM.TXT	GOL_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM	ION.TOP

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