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万見
- PDB-3dy0: Crystal Structure of Cleaved PCI Bound to Heparin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dy0
タイトルCrystal Structure of Cleaved PCI Bound to Heparin
要素
  • C-terminus Plasma serine protease inhibitor
  • N-terminus Plasma serine protease inhibitor
キーワードBLOOD CLOTTING / HYDROLASE INHIBITOR / serpin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein C inhibitor-TMPRSS7 complex / protein C inhibitor-TMPRSS11E complex / protein C inhibitor-PLAT complex / protein C inhibitor-PLAU complex / protein C inhibitor-thrombin complex / protein C inhibitor-KLK3 complex / protein C inhibitor-plasma kallikrein complex / protein C inhibitor-coagulation factor V complex / protein C inhibitor-coagulation factor Xa complex / protein C inhibitor-coagulation factor XI complex ...protein C inhibitor-TMPRSS7 complex / protein C inhibitor-TMPRSS11E complex / protein C inhibitor-PLAT complex / protein C inhibitor-PLAU complex / protein C inhibitor-thrombin complex / protein C inhibitor-KLK3 complex / protein C inhibitor-plasma kallikrein complex / protein C inhibitor-coagulation factor V complex / protein C inhibitor-coagulation factor Xa complex / protein C inhibitor-coagulation factor XI complex / acrosin binding / platelet dense tubular network / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / platelet alpha granule / phosphatidylcholine binding / glycosaminoglycan binding / negative regulation of hydrolase activity / retinoic acid binding / lipid transport / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / heparin binding / spermatogenesis / protease binding / external side of plasma membrane / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Plasma serine protease inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Li, W. / Huntington, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The heparin binding site of protein C inhibitor is protease-dependent.
著者: Li, W. / Huntington, J.A.
履歴
登録2008年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_xplor_file / refine / refine_ls_restr / reflns / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_xplor_file.param_file / _pdbx_xplor_file.topol_file / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_param_bsol / _reflns.number_all / _reflns.observed_criterion_sigma_F / _reflns.observed_criterion_sigma_I / _reflns_shell.number_unique_all / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminus Plasma serine protease inhibitor
B: C-terminus Plasma serine protease inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6406
ポリマ－40,9952
非ポリマー1,6454
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.051, 49.451, 64.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AB

#1: タンパク質 N-terminus Plasma serine protease inhibitor / protein C inhibitor / Serpin A5 / PCI / Plasminogen activator inhibitor 3 / PAI-3 / PAI3 / ...protein C inhibitor / Serpin A5 / PCI / Plasminogen activator inhibitor 3 / PAI-3 / PAI3 / Acrosomal serine protease inhibitor


分子量: 37484.684 Da / 分子数: 1 / 断片: PPE cleaved, residues 37-372 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: complexed with Heparin from Bos taurus lungs / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA5, PCI, PLANH3, PROCI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05154
#2: タンパク質・ペプチド C-terminus Plasma serine protease inhibitor


分子量: 3510.188 Da / 分子数: 1 / 断片: PPE cleaved, residues 379-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA5, PCI, PLANH3, PROCI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05154
#3: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1429.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,5,4/[a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-AltpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 318分子

#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.12M Lithium Nitrate, 12% PEG 3350, 25% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→34.71 Å / Num. obs: 49709 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 72.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LQ8

1lq8


解像度: 1.55→26.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 953350.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2500 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 49696 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.06 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.79 Å20 Å20.74 Å2
2--2.54 Å20 Å2
3---0.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→26.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2775 0 92 315 3182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.782.5
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 313 4.9 %
Rwork0.362 6078 -
obs--74.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2HEPARIN.PARAMHEPARIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4NO3.PARNO3.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GOL.PARGOL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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