PDB-3dx9: Crystal Structure of the DM1 TCR at 2.75A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dx9

タイトル

Crystal Structure of the DM1 TCR at 2.75A

要素

DM1 T cell receptor alpha chain
DM1 T cell receptor beta chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MHC / Glycoprotein / Glycation / Host-virus interaction / Immune response / Membrane

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Archbold, J.K. / Macdonald, W.A. / Gras, S. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2009
タイトル: Natural micropolymorphism in human leukocyte antigens provides a basis for genetic control of antigen recognition.
著者: Archbold, J.K. / Macdonald, W.A. / Gras, S. / Ely, L.K. / Miles, J.J. / Bell, M.J. / Brennan, R.M. / Beddoe, T. / Wilce, M.C. / Clements, C.S. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Burrows, S.R. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2008年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3dx9.ent.gz	148 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3dx9_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dx9_full_validation.pdf.gz	482.6 KB	表示
XML形式データ	3dx9_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	3dx9_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dx9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dx6C 3dx7C 3dx8C 3dxaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6frc-d 5wjo-2 4dzb-d 6fur-2 2eyt-2 4gg8-1 6fuo-d 3axl-2 6q3s-2 3qjh-2 6fup-d 6frb-d 2eys-d 6fun-d 6vth-1 6xqq-2 6c61-d 6vth-2 3mff-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DM1 T cell receptor alpha chain

B: DM1 T cell receptor beta chain

C: DM1 T cell receptor alpha chain

D: DM1 T cell receptor beta chain

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DM1 T cell receptor alpha chain

B: DM1 T cell receptor beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: DM1 T cell receptor alpha chain

D: DM1 T cell receptor beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.740, 70.727, 154.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	2 - 100	1 - 83
2	1	1	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	2 - 100	1 - 83
1	2	1	TYR	TYR	SER	SER	A	A	110 - 183	93 - 166
2	2	1	TYR	TYR	SER	SER	C	C	110 - 183	93 - 166
1	3	1	ALA	ALA	ASN	ASN	A	A	188 - 199	171 - 182
2	3	1	ALA	ALA	ASN	ASN	C	C	188 - 199	171 - 182
1	1	2	THR	THR	ASP	ASP	B	B	2 - 110	1 - 97
2	1	2	THR	THR	ASP	ASP	D	D	2 - 110	1 - 97
1	2	2	PRO	PRO	THR	THR	B	B	120 - 245	107 - 232
2	2	2	PRO	PRO	THR	THR	D	D	120 - 245	107 - 232

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	DM1 T cell receptor alpha chain 分子量: 22126.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質	DM1 T cell receptor beta chain 分子量: 28139.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Hepes, Magnesium Formate, PEG 3350, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→154.3 Å / Num. all: 22674 / Num. obs: 22674 / Observed criterion σ(I): 0

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→154.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 30.078 / SU ML: 0.304 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	1159	5.1 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
all	0.207	22674	-	-
obs	0.207	22662	96.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.51 Å² / B_iso mean: 41.475 Å² / B_iso min: 16.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	0 Å²	-0.44 Å²
2-	-	-2.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→154.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7073	0	0	159	7232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	7292
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.49	1.932	9922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.98	3.003	12013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.802	5	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.331	24.187	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.659	15	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.294	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	5078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.09	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.261	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.247	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.281	1.5	5701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.074	1.5	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.374	2	7200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.64	3	3367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.939	4.5	2718

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2404	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	A	2404	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
2	B	3273	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	B	3273	TIGHT THERMAL	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	78	-
R_work	0.258	1665	-
all	-	1743	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9431	0.1224	0.0434	12.7683	2.343	3.6579	-0.1053	0.089	0.2164	-1.0762	0.2831	0.0039	-0.1342	0.1435	-0.1778	-0.1459	-0.0963	0.0057	-0.0638	-0.0073	-0.2053	20.9944	-18.4446	7.0343
2	6.3659	0.6129	-0.1457	6.1889	0.2265	5.9894	0.094	-0.9944	0.0671	0.7669	0.0081	-0.2483	0.0182	0.3757	-0.1022	-0.0752	0.02	-0.0689	-0.0932	-0.08	-0.0826	3.9235	1.9934	28.7306
3	3.0061	-0.6951	-3.0418	1.2471	1.8641	7.3548	-0.1134	-0.0617	-0.1772	0.1298	0.0537	0.0372	0.2381	-0.1137	0.0597	-0.163	0.0155	-0.0043	-0.2075	0.0057	-0.1305	6.2939	-35.3169	13.1223
4	1.8506	1.1543	-0.1912	6.7065	-1.346	2.2605	-0.1011	-0.239	-0.0563	0.3109	-0.0006	-0.0954	-0.0246	-0.1542	0.1017	-0.2233	0.0069	0.0182	-0.13	-0.0173	-0.2193	-7.4406	-9.429	23.5423
5	2.3933	-0.6533	1.9298	12.1746	-2.015	2.466	-0.1885	-0.2627	0.1573	0.7555	0.2115	0.0829	-0.1417	-0.1193	-0.023	-0.131	0.0561	0.0105	-0.1207	-0.0006	-0.2383	-6.0758	15.391	69.9349
6	5.4401	-0.3803	-1.245	5.1137	0.3295	4.6206	-0.1027	0.5089	0.1077	-0.41	0.0117	0.3246	-0.0133	0.0454	0.091	-0.132	-0.0124	-0.0766	-0.0698	0.1103	-0.0915	10.8672	35.1068	47.8781
7	3.8808	0.3336	-3.5949	0.9043	-1.3771	8.075	-0.1697	0.1711	-0.3569	-0.1136	-0.0641	-0.158	0.2756	0.1467	0.2338	-0.1262	-0.0043	0.0025	-0.1979	0.0068	-0.1237	8.5471	-1.569	64.1753
8	2.0012	-0.8771	-0.2605	7.1058	0.9851	2.5196	-0.0923	0.2434	-0.0883	-0.2632	0.1347	0.1386	-0.0338	0.1498	-0.0423	-0.2148	-0.0396	-0.003	-0.1045	0.0159	-0.24	22.4877	24.3931	53.448

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 107	1 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	108 - 198	91 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	2 - 119	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	120 - 245	107 - 232
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	2 - 105	1 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	106 - 198	89 - 181
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	2 - 119	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	120 - 245	107 - 232

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