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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dx9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the DM1 TCR at 2.75A | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / MHC / Glycoprotein / Glycation / Host-virus interaction / Immune response / Membrane | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Archbold, J.K. / Macdonald, W.A. / Gras, S. / Rossjohn, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2009 タイトル: Natural micropolymorphism in human leukocyte antigens provides a basis for genetic control of antigen recognition. 著者: Archbold, J.K. / Macdonald, W.A. / Gras, S. / Ely, L.K. / Miles, J.J. / Bell, M.J. / Brennan, R.M. / Beddoe, T. / Wilce, M.C. / Clements, C.S. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Burrows, S.R. / Rossjohn, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dx9.cif.gz | 181.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dx9.ent.gz | 151.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dx9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dx9_validation.pdf.gz | 457.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dx9_full_validation.pdf.gz | 482.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dx9_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dx9_validation.cif.gz | 48.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dx9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Refine code: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22126.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: タンパク質 | 分子量: 28139.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Hepes, Magnesium Formate, PEG 3350, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→154.3 Å / Num. all: 22674 / Num. obs: 22674 / Observed criterion σ(I): 0 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→154.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 30.078 / SU ML: 0.304 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.51 Å2 / Biso mean: 41.475 Å2 / Biso min: 16.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→154.3 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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