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- PDB-3dt3: Human Estrogen receptor alpha LBD with GW368 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dt3
タイトルHuman Estrogen receptor alpha LBD with GW368
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / estrogen receptor / nuclear receptor / SERM / transcription factor / alpha-helical sandwich / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / negative regulation of miRNA transcription / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TBP-class protein binding / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / SUMOylation of intracellular receptors / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / beta-catenin binding / positive regulation of fibroblast proliferation / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / male gonad development / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / regulation of inflammatory response / response to estradiol / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-369 / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Williams, S.P. / Miller, A.B.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Synthesis of 3-alkyl naphthalenes as novel estrogen receptor ligands.
著者: Fang, J. / Akwabi-Ameyaw, A. / Britton, J.E. / Katamreddy, S.R. / Navas, F. / Miller, A.B. / Williams, S.P. / Gray, D.W. / Orband-Miller, L.A. / Shearin, J. / Heyer, D.
履歴
登録2008年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9594
ポリマ－58,2432
非ポリマー7172
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.309, 57.996, 88.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / Estradiol receptor / ER-alpha / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29121.307 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: thrombin cleavable 6XHis removed / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / プラスミド: pHTC_ERa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物 ChemComp-369 / 5-(4-hydroxyphenoxy)-6-(3-hydroxyphenyl)-7-methylnaphthalen-2-ol


分子量: 358.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H18O4 / 詳細: Medicinal Chemistry
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Hepes pH7.0, 12% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月14日
放射モノクロメーター: BENT CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 19843 / Num. obs: 19693 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.490.48917990.812191.2
2.49-2.590.40419240.838196
2.59-2.70.3519600.868199.3
2.7-2.850.27419780.8861100
2.85-3.020.17819790.8911100
3.02-3.260.12920020.9241100
3.26-3.580.08519720.9851100
3.58-4.10.05620051.1021100
4.1-5.170.0420141.0491100
5.17-500.02820600.865199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ERa LBD

解像度: 2.4→28.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.826 / SU B: 18.25 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.583 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1394 7.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.207 19843 --
obs0.207 19680 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.55 Å2 / Biso mean: 44.619 Å2 / Biso min: 20.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.94 Å20 Å20.39 Å2
2--2.44 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3709 0 54 100 3863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213833
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.991.9945193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83736104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9385469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29524.221154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.45415683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2751519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3651.52368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0511.5956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6923786
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03431465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6454.51407
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 84 -
Rwork0.284 1268 -
all-1352 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4655-0.3264-0.10182.26460.21363.4410.0126-0.1983-0.08290.0964-0.0292-0.07430.0720.10190.0167-0.17-0.1131-0.0134-0.18240.0212-0.197734.69436.932820.6851
23.12111.3519-0.13445.5266-0.03982.42790.0562-0.00880.02020.0931-0.15130.18850.142-0.06320.0951-0.234-0.05880.0186-0.0414-0.0435-0.161112.1604-6.270218.8561
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA306 - 55110 - 255
2X-RAY DIFFRACTION1AC1
3X-RAY DIFFRACTION2BB306 - 54810 - 252
4X-RAY DIFFRACTION2BD2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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