PDB-3drz: X-ray crystal structure of the N-terminal BTB domain of human KCT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3drz

タイトル

X-ray crystal structure of the N-terminal BTB domain of human KCTD5 protein

要素

BTB/POZ domain-containing protein KCTD5

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / KCTD5 / BTB/POZ / potassium channel domain T1 / PENTAMER

機能・相同性

機能・相同性情報

Cul3-RING ubiquitin ligase complex / cullin family protein binding / protein homooligomerization / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tereshko, V. / Dementieva, I. / Goldstein, S.A.N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Pentameric assembly of potassium channel tetramerization domain-containing protein 5.
著者: Dementieva, I.S. / Tereshko, V. / McCrossan, Z.A. / Solomaha, E. / Araki, D. / Xu, C. / Grigorieff, N. / Goldstein, S.A.

履歴

登録	2008年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3drz.cif.gz	118.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3drz.ent.gz	93.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3drz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3drz_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3drz_full_validation.pdf.gz	475.8 KB	表示
XML形式データ	3drz_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	3drz_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3drz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3drz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3drxSC 3dryC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bxb-1 5bxh-d 5bxb-2 3qnd-1 3cnc-2 4liy-d 5bmt-d 3c5o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD5

B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD5

C: BTB/POZ domain-containing protein KCTD5

D: BTB/POZ domain-containing protein KCTD5

E: BTB/POZ domain-containing protein KCTD5

61.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.039, 90.718, 110.158
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	BTB/POZ domain-containing protein KCTD5 分子量: 12320.969 Da / 分子数: 5 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 40-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: MODIFIED VECTOR, TEV PROTEASE CLEAVAGE SITE REPLACING THROMBIN SITE 遺伝子: KCTD5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NXV2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 24% (w/v) PEG 3350, 100 mM MgCl2, 100 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月1日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS K-B GEOMETRY
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 46924 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 21.15
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Num. unique all: 3090 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0073	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3DRX

3drx

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 7.421 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23226	2374	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19357	-	-	-
all	0.19548	44550	-	-
obs	0.19548	44550	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.152 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4066	0	0	359	4425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.196	1.983	5644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.672	5	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.715	23.333	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.856	15	771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.825	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.938	1.5	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.677	2	3992
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.396	3	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.814	4.5	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	202	-
R_work	0.235	3090	-
obs	-	-	98.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7121	-0.8625	0.4768	2.566	-0.3026	2.1987	-0.0093	-0.249	-0.1785	0.2632	-0.0264	0.371	0.1995	-0.1113	0.0358	-0.0401	-0.0456	0.0192	-0.0425	0.0563	-0.0148	-14.2065	-10.4971	18.5026
2	1.6374	-0.0956	-0.1152	2.1979	0.2224	1.7467	0.0285	0.0864	0.077	-0.0855	0.0034	0.0974	-0.049	-0.126	-0.0318	-0.0699	0.0164	-0.0265	-0.0518	0.0165	-0.0512	-14.3966	7.3347	5.9032
3	2.1975	0.0155	-0.1435	2.2525	0.2279	1.2097	0.0665	0.1041	0.1074	-0.169	0.0194	-0.0652	-0.109	0.1124	-0.0859	-0.0228	-0.0187	0.0153	-0.0493	0.0196	-0.0745	6.451	10.9891	0.3067
4	2.3194	0.1766	0.5801	1.5414	-0.5813	2.1643	0.1291	-0.1981	-0.2865	0.0726	-0.0016	-0.1425	0.1917	0.0679	-0.1275	-0.0494	-0.01	-0.0176	-0.0411	0.0092	-0.029	18.8062	-3.7539	9.649
5	3.6367	0.0446	0.4015	2.0812	0.3682	2.2613	0.0616	0.1898	-0.0499	0.1175	-0.1228	-0.1812	0.0758	0.2849	0.0612	-0.0553	0.0508	-0.0293	0.0139	0.1417	-0.1423	5.9812	-17.0818	21.3861

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	96 - 145
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1074
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	43 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	96 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1000 - 1089
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	44 - 95
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	96 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1008 - 1085
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	43 - 95
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	96 - 145
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1009 - 1078
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	43 - 95
14	X-RAY DIFFRACTION	5	E	96 - 145
15	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1001 - 1095

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