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- PDB-5bxh: Crystal structure of pentameric KCTD9 BTB domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bxh
タイトルCrystal structure of pentameric KCTD9 BTB domain
要素BTB/POZ domain-containing protein KCTD9
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cullin family protein binding / protein homooligomerization / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Pentapeptide repeats (8 copies) / Pentapeptide repeat / Doublecortin domain superfamily / KHA domain / KHA, dimerisation domain of potassium ion channel / KHA domain profile. / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A ...: / Pentapeptide repeats (8 copies) / Pentapeptide repeat / Doublecortin domain superfamily / KHA domain / KHA, dimerisation domain of potassium ion channel / KHA domain profile. / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BTB/POZ domain-containing protein KCTD9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Ji, A.X. / Chu, A. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into KCTD Protein Assembly and Cullin3 Recognition.
著者: Ji, A.X. / Chu, A. / Nielsen, T.K. / Benlekbir, S. / Rubinstein, J.L. / Prive, G.G.
履歴
登録2015年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Data collection / Database references
改定 1.22016年2月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD9
B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD9
C: BTB/POZ domain-containing protein KCTD9
D: BTB/POZ domain-containing protein KCTD9
E: BTB/POZ domain-containing protein KCTD9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4585
ポリマ－60,4585
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.396, 105.396, 97.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
BTB/POZ domain-containing protein KCTD9


分子量: 12091.656 Da / 分子数: 5 / 断片: BTB domain residues 89-191 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCTD9 / プラスミド: pMCSG7 / 詳細 (発現宿主): 6xHis-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Codon+ / 参照: UniProt: Q7L273

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 mg/mL KCTD9 BTB domain with: 0.17 M Lithium citrate, 16% w/v PEG 3350. 1:1 ratio
Temp details: crystals grown in cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→30.57 Å / Num. obs: 16374 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 94.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05735 / Net I/σ(I): 10.09
反射 シェル解像度: 2.76→2.858 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.829 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / % possible all: 99.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHENIX1.9_1692位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DRZ

3drz


解像度: 2.76→30.566 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2799 817 4.99 %
Rwork0.2345 --
obs0.2367 16373 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 122.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→30.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4014 0 0 0 4014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7365530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1651496
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.93280.48511340.41962546X-RAY DIFFRACTION100
2.9328-3.15910.41371300.37142552X-RAY DIFFRACTION100
3.1591-3.47660.32851360.28942570X-RAY DIFFRACTION100
3.4766-3.97870.3331320.25312583X-RAY DIFFRACTION100
3.9787-5.00920.27021400.21792605X-RAY DIFFRACTION100
5.0092-30.56760.22821450.19522700X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6118-2.139-0.85517.71970.87714.86840.08490.9043-0.8456-0.3928-0.21781.39940.3101-0.96990.16760.7715-0.2469-0.07811.3029-0.25051.08482.295482.0022109.6888
26.8347-0.4390.59426.770.32496.24560.1260.86731.0457-0.5410.09410.8638-0.5832-0.5366-0.10860.7135-0.0227-0.09031.06870.14641.15384.1535104.0095109.6946
36.29890.5315-1.41475.771-1.31365.65420.17321.1486-1.542-0.5298-0.1162-0.57590.57830.299-0.0640.726-0.03040.04271.0535-0.37341.178222.868473.533109.5111
46.7353-0.15041.30175.089-0.49924.98710.03441.17221.7058-0.1637-0.2638-0.5513-0.8570.41730.20020.9112-0.25850.03671.19890.36541.462325.2458109.4312110.2126
53.6590.9162-0.54398.7396-0.02974.2773-0.06161.260.0244-0.2931-0.0011-2.0870.01080.8943-0.01810.6175-0.10090.09461.4831-0.0081.403737.154190.6218109.4523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:106)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 2:106)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 2:106)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 3:106)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 4:106)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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