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- PDB-3dqq: The crystal structure of the putative tRNA synthase from Salmonel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dqq
タイトルThe crystal structure of the putative tRNA synthase from Salmonella typhimurium LT2
要素Putative tRNA synthase
キーワードstructural genomics / unknown function / tRNA synthase / Salmonella typhimurium / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydrotetronate 4-kinase / kinase activity / carbohydrate metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Putative sugar-binding, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain superfamily / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain superfamily / Sugar-binding N-terminal domain / Nucleotide-binding C-terminal domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / Rossmann fold ...Putative sugar-binding, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain superfamily / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain superfamily / Sugar-binding N-terminal domain / Nucleotide-binding C-terminal domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxo-tetronate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhang, R. / Gu, M. / Zhou, M. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of the putative tRNA synthase from Salmonella typhimurium LT2
著者: Zhang, R. / Gu, M. / Zhou, M. / Anderson, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative tRNA synthase
B: Putative tRNA synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7722
ポリマ－89,7722
非ポリマー00
水81145
1
A: Putative tRNA synthase

A: Putative tRNA synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7722
ポリマ－89,7722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area2970 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
2
B: Putative tRNA synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8861
ポリマ－44,8861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)254.541, 254.541, 94.459
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-283-

ARG

詳細This protein existed as monomer and dimer. The deposited MolB represnets the monomer. MolA exists as dimer. The second part of the dimer is generated by the operation: -x,-x+y,-z-1/3

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要素

#1: タンパク質 Putative tRNA synthase


分子量: 44885.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ygbK, STM2917 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8ZMG5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE TARGET ID IDP00121 IS NOT IN THE TARGETDB HTTP://TARGETDB.PDB.ORG/ AT THE TIME OF PROCESSING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis/Tris, 3M NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→127 Å / Num. all: 47218 / Num. obs: 47157 / % possible obs: 0.9987 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 25.71
反射 シェル解像度: 2.7→2.771 Å / 冗長度: 22.3 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3611 / % possible all: 0.9956

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→127 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 16.259 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.211
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21048 2515 5.1 %RANDOM
Rwork0.18836 ---
obs0.18948 47157 99.87 %-
all-47218 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.832 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20.73 Å20 Å2
2--1.45 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6219 0 0 45 6264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.9548615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.014310162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8515827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02424.098266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.38615999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.251541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.21469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.24337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1930.23181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.23514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2780.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1481.55181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1441.51694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36126584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40932493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.684.52031
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 176 -
Rwork0.284 3419 -
obs--99.56 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.64 Å / Origin y: 97.742 Å / Origin z: 11.506 Å
111213212223313233
T-0.1738 Å20.0142 Å20.01 Å2-0.0944 Å20.0305 Å2---0.1291 Å2
L0.6744 °20.2532 °20.0704 °2-0.4453 °20.1479 °2--0.7181 °2
S0.0111 Å °-0.063 Å °-0.0511 Å °0.0624 Å °0.0035 Å °-0.0771 Å °0.2237 Å °0.2531 Å °-0.0146 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 4202 - 421
2X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 4192 - 420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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