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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i4j | ||||||
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Title | Dps4 from Nostoc punctiforme in complex with Zn ions | ||||||
![]() | Ferritin, Dps family protein | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / ferritin like | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: On the trail of iron into Dps4 from N. punctiforme Authors: Howe, C. / Moparthi, V.K. / Persson, K. / Stensjo, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 290 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 237.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 448.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 454.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5hjfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 20014.322 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-EPE / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.57 % / Description: Rod shaped |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 25% SOKALAN HP 66, 0.1M HEPES pH 7.0 and 0.2M NaOAc, |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2015 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.39→48.09 Å / Num. obs: 32761 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 49.88 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 277574 | |||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5HJF Resolution: 2.394→47.631 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.43
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.41 Å2 / Biso mean: 57.7653 Å2 / Biso min: 23.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.394→47.631 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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