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- PDB-1tko: Iron-oxo clusters biomineralizing on protein surfaces. Structural... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tko
タイトルIron-oxo clusters biomineralizing on protein surfaces. Structural analysis of H.salinarum DpsA in its low and high iron states
要素Iron-rich dpsA-homolog protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / DpsA / high iron / iron cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zeth, K. / Offermann, S. / Essen, L.O. / Oesterhelt, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Iron-oxo clusters biomineralizing on protein surfaces: structural analysis of Halobacterium salinarum DpsA in its low- and high-iron states.
著者: Zeth, K. / Offermann, S. / Essen, L.O. / Oesterhelt, D.
履歴
登録2004年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年4月30日Group: Data collection
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-rich dpsA-homolog protein
B: Iron-rich dpsA-homolog protein
C: Iron-rich dpsA-homolog protein
D: Iron-rich dpsA-homolog protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,84846
ポリマ－80,4874
非ポリマー2,36042
水72140
1
A: Iron-rich dpsA-homolog protein
B: Iron-rich dpsA-homolog protein
C: Iron-rich dpsA-homolog protein
D: Iron-rich dpsA-homolog protein
ヘテロ分子

A: Iron-rich dpsA-homolog protein
B: Iron-rich dpsA-homolog protein
C: Iron-rich dpsA-homolog protein
D: Iron-rich dpsA-homolog protein
ヘテロ分子

A: Iron-rich dpsA-homolog protein
B: Iron-rich dpsA-homolog protein
C: Iron-rich dpsA-homolog protein
D: Iron-rich dpsA-homolog protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,543138
ポリマ－241,46212
非ポリマー7,081126
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area73370 Å2
ΔGint-1135 kcal/mol
Surface area62930 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.110, 91.110, 150.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 7 - 181 / Label seq-ID: 7 - 181

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細dodecameric, assembly via crystallographic symmetry operations

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要素

#1: タンパク質
Iron-rich dpsA-homolog protein / Bacterioferritin dpsA


分子量: 20121.846 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: Tom / 参照: UniProt: Q9HMP7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG400, 1M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.731 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→15 Å / Num. obs: 15444 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 61.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 9.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
ProDCデータ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MOJ

1moj


解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 17.1 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26281 1183 7.1 %RANDOM
Rwork0.17782 ---
obs0.18396 15444 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.66 Å2-1.33 Å20 Å2
2---2.66 Å20 Å2
3---3.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5459 0 50 40 5549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.060.0215563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.3781.9457588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9415701
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2580.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.024372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3210.22485
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2940.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5181.53493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.16925537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.26532070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.4694.52027
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A700tight positional0.130.05
2B700tight positional0.130.05
3C700tight positional0.130.05
4D700tight positional0.140.05
1A656medium positional0.30.5
2B656medium positional0.360.5
3C656medium positional0.330.5
4D656medium positional0.320.5
1A700tight thermal0.530.5
2B700tight thermal0.540.5
3C700tight thermal0.520.5
4D700tight thermal0.510.5
1A656medium thermal3.12
2B656medium thermal3.062
3C656medium thermal2.962
4D656medium thermal2.712
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.973 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.328 92
Rwork0.223 1122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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