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- PDB-3dpt: COR domain of Rab family protein (Roco) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dpt
タイトルCOR domain of Rab family protein (Roco)
要素Rab family protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / COR / alpha-beta-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2200 / TATA-Binding Protein - #200 / : / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Roc domain profile. / Roc domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2200 / TATA-Binding Protein - #200 / : / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / TATA-Binding Protein / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gotthardt, K. / Weyand, M. / Kortholt, A. / Van Haastert, P.J.M. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structure of the Roc-COR domain tandem of C. tepidum, a prokaryotic homologue of the human LRRK2 Parkinson kinase
著者: Gotthardt, K. / Weyand, M. / Kortholt, A. / Van Haastert, P.J. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2008年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab family protein
B: Rab family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7082
ポリマ－76,7082
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-9.5 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA
2
A: Rab family protein

B: Rab family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7082
ポリマ－76,7082
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_444-x-1,-x+y-1,-z-1/31
3
B: Rab family protein

A: Rab family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7082
ポリマ－76,7082
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_454-x-1,-x+y,-z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)130.112, 130.112, 129.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Rab family protein / Roco


分子量: 38353.980 Da / 分子数: 2 / 断片: COR, UNP residues 615-946 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
株: Cloroblium tepidum TLS / 遺伝子: CT1526 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8KC98

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 600mM Succinate (pH6.5), 5% 2-Methyl-2,4-pentan-diol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97955 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97955 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 28475 / Num. obs: 28455 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 62.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 5.23 / Num. unique all: 2715 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→45.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 26.056 / SU ML: 0.226 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.459 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24282 1422 5 %RANDOM
Rwork0.20974 ---
all0.21136 28455 --
obs0.21136 28438 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.125 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20.36 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4643 0 0 0 4643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.9756449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7225593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.33724.901202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.54915791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.0241519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.23223
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4211.53048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75824793
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.92231933
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5354.51656
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 102 -
Rwork0.309 1953 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.04050.46440.26744.4798-2.73967.83810.13770.0606-0.0335-0.15160.0277-0.2484-0.40270.3186-0.1654-0.201-0.06990.1571-0.301-0.0789-0.2024-50.12246.1566-26.1492
22.12752.2854-0.17297.5866-0.22120.89520.1443-0.0033-0.0740.4314-0.2912-0.1295-0.1217-0.04260.1469-0.1033-0.07010.0462-0.1780.0228-0.289-66.1686-22.6378-10.2362
33.18692.97482.26835.17712.70035.73110.18770.2824-0.05-0.21780.00790.66310.3691-0.6159-0.19560.08-0.03070.18060.0250.04330.1726-80.4126-3.3039-18.4317
41.46330.5117-0.07087.1179-2.33643.0543-0.20730.11290.15320.5756-0.02930.1193-0.0880.12850.2366-0.2455-0.0110.0672-0.291-0.0519-0.3235-59.872125.871-14.0099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA631 - 78417 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2AA790 - 938176 - 324
3X-RAY DIFFRACTION3BB629 - 78415 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4BB790 - 940176 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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