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万見
- PDB-3dop: Crystal structure of 5beta-reductase (AKR1D1) in complex with NAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dop
タイトルCrystal structure of 5beta-reductase (AKR1D1) in complex with NADP+ and 5beta-dihydrotestosterone, Resolution 2.00A
要素3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PRODUCT / Bile acid catabolism / Cytoplasm / Disease mutation / Intrahepatic cholestasis / Lipid metabolism / NADP / Steroid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / C21-steroid hormone metabolic process / bile acid catabolic process / steroid dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / aldo-keto reductase (NADPH) activity / bile acid biosynthetic process / aldose reductase (NADPH) activity ...Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / C21-steroid hormone metabolic process / bile acid catabolic process / steroid dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / aldo-keto reductase (NADPH) activity / bile acid biosynthetic process / aldose reductase (NADPH) activity / androgen metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cholesterol catabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / digestion / steroid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member D1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member D1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-beta-DIHYDROTESTOSTERONE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member D1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Drury, J.E. / Penning, T.M. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Endocrinol. / 年: 2009
タイトル: Structure and catalytic mechanism of human steroid 5beta-reductase (AKR1D1)
著者: Di Costanzo, L. / Drury, J.E. / Christianson, D.W. / Penning, T.M.
履歴
登録2008年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
B: 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9765
ポリマ－79,1992
非ポリマー1,7773
水10,593588
1
A: 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3432
ポリマ－39,5991
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6333
ポリマ－39,5991
非ポリマー1,0342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.872, 109.495, 129.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase / Delta(4)-3-ketosteroid 5-beta-reductase / Aldo-keto reductase family 1 member D1


分子量: 39599.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1D1, SRD5B1 / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Ecol
参照: UniProt: P51857, Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-BDT / 5-beta-DIHYDROTESTOSTERONE / (5beta,8alpha,17beta)-17-hydroxyandrostan-3-one / 5β-ジヒドロテストステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ON THE ACTIVE SITE OF MONOMER A AN INTERPRETABLE PEAK CORRESPONDING TO THE BINDING SITE OF 5-BETA- ...ON THE ACTIVE SITE OF MONOMER A AN INTERPRETABLE PEAK CORRESPONDING TO THE BINDING SITE OF 5-BETA-DIHYDROTESTOSTERONE WAS OBSERVED AND IT IS MISSING FROM THE MODEL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ISOPROPANOL, PEG 4000, TRIS-HCL, PH 7.0, 10.0mM 5bDHT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 186 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.84 Å / Num. all: 47344 / Num. obs: 47344 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3CMF

3cmf


解像度: 2→27.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2027302.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 2035 4.3 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 47218 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.0506 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å20 Å20 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3----0.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5254 0 117 588 5959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.692.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 343 4.4 %
Rwork0.269 7379 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3nap.paramnap.top
X-RAY DIFFRACTION4unk.paramunk.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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