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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3do1 | ||||||
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タイトル | Thermolysin by Classical hanging drop method before high X-Ray dose on ESRF ID14-2 beamline | ||||||
要素 | Thermolysinテルモリシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / metalloproteinase (金属プロテアーゼ) / Calcium (カルシウム) / Metal-binding / Metalloprotease (金属プロテアーゼ) / Protease (プロテアーゼ) / Secreted (分泌) / Zinc (亜鉛) / Zymogen (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 テルモリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å | ||||||
データ登録者 | Pechkova, E. / Tripathi, S.K. / Nicolini, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Radiation damage in protein structural characterization by Synchrotron Radiation: State of the art and Nanotechnology-based perspective 著者: Pechkova, E. / Tripathi, S.K. / Nicolini, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3do1.cif.gz | 80.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3do1.ent.gz | 59.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3do1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/3do1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/3do1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3dnzC 3do0C 3do2C 3dvqC 3dvrC 3dvsC 3dw1C 3dw3C 3dweC 3dznC 3dzpC 3dzrC 3e0aC 1keiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, テルモリシン |
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-非ポリマー , 5種, 192分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-VAL / | #5: 化合物 | ChemComp-LYS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 % / Mosaicity: 0.58 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: DMSO, Ammonium sulfate, MES, hanging drop, 293K, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月15日 / 詳細: Toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→80.13 Å / Num. obs: 64020 / % possible obs: 81 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Rsym value: 0.243 / Net I/σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 1.31→1.38 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Num. measured all: 3896 / Num. unique all: 2697 / Rsym value: 0.67384 / % possible all: 24.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KEI 解像度: 1.33→68.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.809 / SU B: 1.714 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.56 Å2 / Biso mean: 21.019 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→68.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.33→1.365 Å / Total num. of bins used: 20 /
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