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- PDB-3dlr: Crystal structure of the catalytic core domain from PFV integrase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dlr
タイトルCrystal structure of the catalytic core domain from PFV integrase
要素Integrase
キーワードTRANSFERASE / Retroviral integrase / RVE superfamily domain / DNA integration / DNA recombination / Endonuclease / Hydrolase / Magnesium / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Nuclease / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase ...Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Valkov, E. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Functional and structural characterization of the integrase from the prototype foamy virus.
著者: Valkov, E. / Gupta, S.S. / Hare, S. / Helander, A. / Roversi, P. / McClure, M. / Cherepanov, P.
履歴
登録2008年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _software.name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _software.name / _software.version / _struct.pdbx_descriptor / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6712
ポリマ－22,6471
非ポリマー241
水86548
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3424
ポリマ－45,2932
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area2180 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.140, 52.140, 239.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The second part of the biologically-relevant dimer is generated by the two-fold operation: x, 1-x+y, 1/6-z

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要素

#1: タンパク質 Integrase / Integrase / IN / p42In


分子量: 22646.635 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic core domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 株: HSRV2 / 遺伝子: pol / プラスミド: pCPH6P-HSRV2(88-286) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P14350
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
解説: 1cxu was used as a search model for molecular replacement. Solution found in PHASER (Euler angles 310.7, 84.0, 41.7; fractional coordinates -1.272, 0.422, 0.077) was used as a starting model ...解説: 1cxu was used as a search model for molecular replacement. Solution found in PHASER (Euler angles 310.7, 84.0, 41.7; fractional coordinates -1.272, 0.422, 0.077) was used as a starting model for density modification in SOLOMON to improve and extend Se-SAD derived phases.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.0 M ammonium formate, 0.2 M magnesium cloride, 5 mM dithiotreitol, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1410.95373
シンクロトロンESRF BM1420.97837
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2008年1月26日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2008年1月26日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953731
20.978371
反射解像度: 2.2→45.18 Å / Num. all: 10584 / Num. obs: 10584 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1477 / Rsym value: 0.681 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1cxu

1cxu


解像度: 2.2→45.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 10.771 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25922 1042 9.8 %RANDOM
Rwork0.20905 ---
obs0.21394 9540 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.046 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20.41 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1241 0 1 48 1290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.010.0221255
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg1.1221.9691712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg5.8385152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_2_deg35.37123.11145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_3_deg16.04115202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_4_deg16.931154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0730.2201
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0040.02918
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined0.1970.2523
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_refined0.3070.2860
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_refined0.1140.260
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_refined0.0990.21
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_refined0.1490.239
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_refined0.1310.24
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it0.5581.5791
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it1.02521264
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it1.7463535
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it2.4724.5448
X-RAY DIFFRACTIONf_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 75 -
Rwork0.219 683 -
obs--98.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0876-0.174-0.13661.78-0.77422.68470.00580.074-0.16-0.04050.0673-0.04450.25530.0082-0.0731-0.05930.0565-0.0181-0.1625-0.0245-0.1432-0.06619.71514.154
229.940913.184611.665633.5029-8.820217.701-0.43371.74110.824-0.4456-0.18780.5624-0.26351.15410.62160.013-0.1786-0.07270.24070.0904-0.1504-9.2122.506-3.052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA119 - 27114 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2AA293 - 304188 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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