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万見
- PDB-3dl3: Crystal structure of the tellurite resistance protein TehB. North... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dl3
タイトルCrystal structure of the tellurite resistance protein TehB. Northeast Structural Genomics Consortium target VfR98 .
要素Tellurite resistance protein B
キーワードstructural genomics / unknown function / X-Ray NESG VfR98 Q5E3X2_VIBF1 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性Tellurite resistance predicted, YeaR / Domain of unknown function DUF1971 / Domain of unknown function (DUF1971) / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Tellurite resistance protein B
機能・相同性情報
生物種Vibrio fischeri ES114 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the tellurite resistance protein TehB. Northeast Structural Genomics Consortium target VfR98.
著者: Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2008年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tellurite resistance protein B
B: Tellurite resistance protein B
D: Tellurite resistance protein B
E: Tellurite resistance protein B
G: Tellurite resistance protein B
H: Tellurite resistance protein B
F: Tellurite resistance protein B
I: Tellurite resistance protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,6018
ポリマ－111,6018
非ポリマー00
水1,51384
1
D: Tellurite resistance protein B

F: Tellurite resistance protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9002
ポリマ－27,9002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area1900 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
2
A: Tellurite resistance protein B

H: Tellurite resistance protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9002
ポリマ－27,9002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
3
B: Tellurite resistance protein B
E: Tellurite resistance protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9002
ポリマ－27,9002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10330 Å2
手法PISA
4
G: Tellurite resistance protein B
I: Tellurite resistance protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9002
ポリマ－27,9002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.574, 205.020, 56.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Tellurite resistance protein B


分子量: 13950.108 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio fischeri ES114 (バクテリア)
遺伝子: tehB, VF_1779 / 参照: UniProt: Q5E3X2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: 0.1M MgCl2 0.1M MES 40% PEG400, pH 6.0, Crystals were grown by microbatch under oil method. temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A10.979
シンクロトロンNSLS X4C2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月17日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 82534 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.293

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 320301.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 3617 4.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 74329 91.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.9961 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.74 Å20 Å20.78 Å2
2---4.54 Å20 Å2
3---9.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6488 0 0 84 6572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 512 4.8 %
Rwork0.274 10102 -
obs--78.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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