PDB-3dke: Polar and non-polar cavities in phage T4 lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dke

タイトル

Polar and non-polar cavities in phage T4 lysozyme

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / T4 lysozyme / cavity / experimental phases / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteriophage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Liu, L.J. / Matthews, B.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Use of experimental crystallographic phases to examine the hydration of polar and nonpolar cavities in T4 lysozyme
著者: Liu, L. / Quillin, M.L. / Matthews, B.W.

履歴

登録	2008年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dke.cif.gz	52.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dke.ent.gz	41.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dke.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dke_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dke_full_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示
XML形式データ	3dke_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	3dke_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/3dke	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	181l 3dmv 3dmx 3dmz 3dn0 3dn1 3dn2 3dn3 3dn4 3dn6 3dn8 3dna
類似構造データ	249l-d 2q9e-2 3cdr-d 3c7w-d 252l-d 1l21-d 1l30-d 1t6h-d 2ou8-d 3c7y-d 1g0p-d 6u0e-d 3c8r-d 3lzm-d 1p6y-d 3gui-d 1l99-d 3hh5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (7) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (7)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)

登録構造単位

X: Lysozyme

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.226, 60.226, 96.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 18755.826 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, L99A, M102L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage T4 (ファージ) / 遺伝子: E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 8種, 267分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N₃
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#7: 化合物	ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 2.0-2.2 M NaH2PO4 and K2HPO4, pH 6.9, 5mM BME, 5mM oxidized BME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9796,0.9797,0.9742,0.9807

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月25日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9796	1
2	0.9797	1
3	0.9742	1
4	0.9807	1

反射

解像度: 1.25→52.2 Å / Num. obs: 56299 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 11.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 23.2

反射シェル

解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 13.9 / Num. unique all: 2753 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.25→52.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 0.915 / SU ML: 0.019 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17281	2851	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15538	-	-	-
obs	0.15626	53423	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.834 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	-0.3 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→52.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1305	0	57	256	1618

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.142	1.979	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.551	5	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.99	23.594	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.729	15	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.38	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.052	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.671	1.5	831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.152	2	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.393	3	580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.414	4.5	543
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.25→1.286 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	209	-
R_work	0.169	3840	-
obs	-	-	98.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0863	-0.129	0.758	1.063	1.6234	3.3799	-0.0217	-0.1132	-0.0189	0.1948	0.0917	-0.0892	0.038	0.1214	-0.07	0.0038	-0.0041	0.0049	-0.0098	-0.0007	-0.044	41.686	5.874	11.312
2	0.9576	0.1512	-0.3643	1.0037	0.117	1.6309	0.0124	-0.0288	0.0552	0.0534	0.0296	0.0246	-0.1042	0.0611	-0.042	0.0109	-0.0047	0.007	-0.0096	-0.0103	-0.0457	39.922	21.431	21.561
3	5.4023	0.8752	1.8087	1.7331	0.8838	3.0208	-0.0284	-0.0484	-0.0399	0.0451	0.0073	0.058	0.0557	-0.0247	0.0212	0.0226	0.005	0.0145	-0.0182	0.0003	-0.0416	35.862	8.497	20.977
4	9.4172	1.8573	6.8078	2.6316	2.205	11.4978	-0.1344	-0.4553	0.0882	0.0098	-0.0736	0.1425	-0.2209	-0.6851	0.2081	-0.0157	0.0026	0.0142	0.0275	-0.0174	-0.0234	21.814	6.231	12.002
5	1.4516	0.9028	0.6679	1.6568	0.9614	0.704	0.0509	-0.0956	-0.0324	0.0579	-0.0346	0.0155	0.0192	-0.0529	-0.0163	0.013	-0.0102	-0.0011	-0.0011	0.0086	-0.0348	29.248	3.26	6.105
6	1.3317	0.111	1.0362	1.6367	1.3535	2.277	-0.0587	-0.1046	0.0825	0.1017	-0.0288	0.2744	-0.0165	-0.1773	0.0874	0.0141	-0.0119	0.0163	-0.0042	0.0195	-0.0302	24.386	10.536	0.569
7	0.5261	0.3302	0.3437	0.6959	0.0458	0.5496	-0.0236	0.0506	-0.0136	-0.0972	0.032	-0.0197	-0.0196	0.0153	-0.0084	0.0167	-0.0224	-0.0024	-0.0012	-0.0001	-0.0352	34.45	10.389	-3.574
8	3.8798	0.582	1.556	7.8753	0.9994	2.6194	0.0586	0.1075	-0.2443	-0.1289	0.1023	-0.2514	0.1167	0.2142	-0.1609	-0.0098	-0.0071	0.0071	-0.015	-0.017	-0.0394	41.298	0.508	0.061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	A	1 - 12	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	X	A	13 - 62	13 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	X	A	63 - 73	63 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	X	A	74 - 84	74 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	X	A	85 - 105	85 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	X	A	106 - 123	106 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	7	X	A	124 - 153	124 - 153
8	X-RAY DIFFRACTION	8	X	A	154 - 164	154 - 164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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