PDB-6u0e: Neutron crystal structure of T4L M6AE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u0e

タイトル

Neutron crystal structure of T4L M6AE

要素

Endolysin

キーワード

HYDROLASE / T4 Lysozyme / cavity

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 2.106 Å

データ登録者

Cuneo, M.J. / Myles, D.A. / Li, L.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solvent entry into cavities of T4 lysozyme
著者: Li, L. / Myles, D.A. / Cuneo, M.J.

履歴

登録	2019年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u0e.cif.gz	80.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u0e.ent.gz	62.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vnqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	249l-d 1dyf-d 1t6h-d 2ou8-d 2lzm-d 176l-1 1l30-d 1l27-d 5nx0-d 1l43-d 1l33-d 1nhb-d 229l-d 5jgx-d 1lgw-d 1kw5-d 3hh6-d 1p2r-d 1l63-d 2b6y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (5) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (5) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Endolysin

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.800, 60.800, 97.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase 分子量: 18568.244 Da / 分子数: 1 / 変異: M6A, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ~2.0 M Na/K phosphate, pH 6-7, 250 mM NaCl

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	298	1	N
2	298	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.5418
NUCLEAR REACTOR	ORNL Spallation Neutron Source	MANDI		2	2.0-4.0

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2017年8月1日
ORNL ANGER CAMERA	2	PIXEL	2017年8月1日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	2	1
3	4	1

反射

Entry-ID: 6U0E

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	B_iso Wilson estimate (Å²)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)	CC_1/2	R_rim(I) all
2.1-50	11921	95.4	2	31.1	0.068	1	8.9
1.9-15	15693	91.2	4.3	23.3	0.1416	2	9.3	0.989	0.1583

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
2.1-2.18	0.457	2	1164	1
1.9-1.956	0.2567	2.62	1201	2	0.138	0.1656	0.3087

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Mantid		データ削減
LaueView		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

交差検証法: THROUGHOUT / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

構造決定の手法	開始モデル	解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso max (Å²)	B_iso mean (Å²)	B_iso min (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	SU ML	σ(F)	位相誤差
分子置換	5vnq 5vnq	2.106-29.011	X-RAY DIFFRACTION	143.3	41.2012	14.79	0.2354	0.1839	0.1864	581	11341	11921	4.87	95.48	0.25	1.34	23.89
		1.889-14.505	NEUTRON DIFFRACTION				0.254	0.2166	0.2184	772		15693	4.92	91.46		0

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.106→29.011 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1305	0	0	87	1392
B_iso mean	-	-	-	46.8	-
残基数	-	-	-	-	164

LS精密化シェル

R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.889-2.007	0.3355	113	0.3273	2075	NEUTRON DIFFRACTION	78
2.007-2.1615	0.3203	125	0.2818	2492	NEUTRON DIFFRACTION	92
2.1615-2.3782	0.331	133	0.2549	2497	NEUTRON DIFFRACTION	93
2.3782-2.7204	0.2427	125	0.2426	2528	NEUTRON DIFFRACTION	93
2.7204-3.4199	0.2319	132	0.2331	2631	NEUTRON DIFFRACTION	96
3.4199-14.505	0.2192	144	0.1615	2698	NEUTRON DIFFRACTION	95
2.106-2.3177	0.3059	138	0.2222	2598	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3177-2.6529	0.2461	139	0.2153	2839	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6529-3.3416	0.2652	145	0.2005	2898	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3416-29.011	0.2057	159	0.1589	3006	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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