PDB-3djp: Bovine Seminal Ribonuclease- Uridine 3' phosphate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3djp

タイトル

Bovine Seminal Ribonuclease- Uridine 3' phosphate complex

要素

Seminal ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease / Allosteric enzyme / Endonuclease / Nuclease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Dossi, K. / Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Mapping the ribonucleolytic active site of bovine seminal ribonuclease. The binding of pyrimidinyl phosphonucleotide inhibitors
著者: Dossi, K. / Tsirkone, V.G. / Hayes, J.M. / Matousek, J. / Pouckova, P. / Soucek, J. / Zadinova, M. / Zographos, S.E. / Leonidas, D.D.

履歴

登録	2008年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3djp.cif.gz	68.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3djp.ent.gz	51.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3djp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3djp_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3djp_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3djp_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	3djp_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3djoC 3djqC 3djvC 3djxC 1r5dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1y94-d 1r3m-d 2qcq-d 1reu-1 3djx-d 4n1d-1 11bg-d 1a25-d 11ba-d 3djq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (8) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Seminal ribonuclease

B: Seminal ribonuclease

ヘテロ分子

27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.192, 59.218, 82.663
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Seminal ribonuclease / Seminal RNase / S-RNase / Ribonuclease BS-1 分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00669, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-UA3 / URACIL ARABINOSE-3'-PHOSPHATE / 1-(3-O-PHOSPHONO-BETA-L-ARABINOFURANOSYL)PYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 1-(3-O-ホスホノ-β-D-アラビノフラノシル)ウラシル分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.14 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8088 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月14日
放射	モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8088 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→27.7 Å / Num. all: 31948 / Num. obs: 31892 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.786 Å² / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 8774 / R_sym value: 0.389 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1R5D

1r5d

解像度: 1.6→27.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2295	1615	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18833	-	-	-
obs	0.19032	30276	99.57 %	-
all	-	31948	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.235 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	42	291	2215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.972	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.355	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.363	24.865	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.239	15	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.878	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	41

LS精密化シェル

解像度: 1.598→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	116	-
R_work	0.243	2089	-
obs	-	-	94.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4626	0.2	-0.0464	3.6389	-0.8983	4.3508	0.0541	-0.1242	0.1372	0.0541	-0.0788	0.0032	0.0594	0.1773	0.0247	0.0306	0.0045	0.003	0.0538	-0.011	0.038	9.5128	20.6646	18.4015
2	4.1949	1.3262	-0.6131	1.3718	-0.4598	1.2672	0.0734	-0.2138	-0.0139	0.0467	-0.0605	0.147	-0.0779	-0.0702	-0.0129	0.051	0.0245	-0.0274	0.0249	-0.0224	0.0557	26.3255	29.969	5.8279
3	3.4908	-5.6855	-6.1415	13.3609	11.4162	14.136	0.2102	-0.0109	-0.0124	-0.9571	0.1924	-0.3382	-1.0615	0.4402	-0.4025	0.0994	-0.0649	0.0341	-0.0076	-0.0033	-0.0171	42.686	42.8321	1.5084
4	3.5453	1.3765	0.3362	2.0446	0.6918	1.2667	0.0951	0.2794	0.0516	-0.2049	-0.0024	0.048	-0.1252	0.0844	-0.0928	0.115	0.0232	-0.035	0.0185	0.021	0.0292	35.4497	37.0811	-0.9122
5	5.2514	2.7135	0.0295	2.9795	2.415	19.4883	0.0931	-0.9166	1.2606	0.0166	-0.5261	1.164	-0.8828	-1.19	0.4331	-0.0667	0.0772	0.0229	0.0672	-0.2275	0.2923	15.2799	36.908	11.1569
6	4.3163	-1.209	2.3134	1.7504	-0.7696	2.3205	-0.0212	0.1149	0.0408	-0.1285	0.0044	0.0274	-0.1157	0.0761	0.0168	0.072	-0.0096	-0.035	0.0148	0.0186	0.0283	36.7266	35.9489	1.698
7	4.8229	1.9742	-0.211	2.567	0.1163	1.542	-0.0182	-0.1112	-0.2223	0.0301	-0.0522	0.0235	-0.0638	-0.0604	0.0704	0.0482	0.0094	-0.0112	0.0309	0.029	0.0826	30.7513	26.7327	6.6778
8	3.2372	3.4551	0.5092	4.8094	-0.9245	3.6668	-0.1663	-0.0821	0.0095	-0.3191	0.0554	-0.2244	0.1679	0.139	0.1108	0.0361	0.0225	0.0665	0.0178	0.0075	0.0357	18.6962	19.2112	7.7921
9	2.015	0.1948	-0.393	2.1059	-1.1377	2.254	-0.0126	-0.2376	-0.078	-0.0828	-0.0084	-0.042	0.181	0.0204	0.021	0.0647	0.0179	-0.0084	0.0681	-0.0049	0.028	7.202	15.2527	15.8632
10	0.9962	0.7137	0.0012	2.9026	-2.7103	3.6881	-0.0428	-0.1086	0.0095	-0.2614	0.2405	0.1677	0.2944	-0.3816	-0.1977	0.0808	-0.0381	-0.0311	0.0644	-0.0001	0.0136	0.0171	10.0891	15.6357
11	6.427	0.8414	2.7353	2.8912	-0.6849	6.6112	-0.0437	0.057	-0.5601	-0.4327	-0.2787	-0.7046	0.7394	0.8738	0.3224	0.1077	0.1416	0.1594	0.0274	0.0874	0.1073	21.86	10.4713	8.0304
12	0.8173	-0.299	0.0596	2.002	-0.0636	4.4927	0.0113	0.0154	0.0196	-0.0546	0.1266	-0.0256	0.3326	-0.0509	-0.1379	0.0591	-0.017	-0.0012	0.0541	-0.0094	0.0139	2.1676	12.5496	16.5417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 18	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	19 - 58	19 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	59 - 68	59 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	69 - 85	69 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	86 - 99	86 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	100 - 124	100 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	1 - 23	1 - 23
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	24 - 31	24 - 31
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	32 - 65	32 - 65
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	66 - 82	66 - 82
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	83 - 100	83 - 100
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	101 - 124	101 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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