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- PDB-3dje: Crystal structure of the deglycating enzyme fructosamine oxidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dje
タイトルCrystal structure of the deglycating enzyme fructosamine oxidase from Aspergillus fumigatus (Amadoriase II) in complex with FSA
要素Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / fructosyl-amino acid / amadoriase / deglycation / fructosamine oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


saccharopine oxidase activity / sarcosine oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
MTOX family / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-beta-D-fructopyranose / Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Collard, F. / Zhang, J. / Nemet, I. / Qanungo, K.R. / Monnier, V.M. / Yee, V.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the deglycating enzyme fructosamine oxidase (FAOX-II)
著者: Collard, F. / Zhang, J. / Nemet, I. / Qanungo, K.R. / Monnier, V.M. / Yee, V.C.
履歴
登録2008年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
B: Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1777
ポリマ－98,8592
非ポリマー2,3185
水16,664925
1
A: Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4693
ポリマ－49,4301
非ポリマー1,0402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7084
ポリマ－49,4301
非ポリマー1,2783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.143, 53.436, 103.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase / fructosamine oxidase


分子量: 49429.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78573
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 糖 ChemComp-FSA / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-beta-D-fructopyranose / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-beta-D-fructose / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-D-fructose / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-fructose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 254.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O7S
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE SEQUENCE WAS VERIFIED BY SEQUENCING AND DIFFERS FROM THE UNP SEQUENCE ...ACCORDING TO THE AUTHORS THE SEQUENCE WAS VERIFIED BY SEQUENCING AND DIFFERS FROM THE UNP SEQUENCE P78573. IN THE DEPOSITED SEQUENCE RESIDUE 203 IS ALA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.4, 10 % iso-propanol, 18 % PEG 4000, fructosyl thioacetate 3 mM, protein solution 15 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.081 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.36 Å / Num. obs: 105596 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 52

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→28.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.401 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19726 5301 5 %RANDOM
Rwork0.16976 ---
obs0.17115 100295 91.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.094 Å0.098 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7018 0 153 925 8096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2471.9710034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8825905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.54323.487347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.232151198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2731562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.23597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.25119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9571.54566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29427165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23133237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3334.52869
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.598→1.639 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 225 -
Rwork0.227 3791 -
obs--47.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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