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- PDB-3dif: Crystal structure of FabOX117 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dif
タイトルCrystal structure of FabOX117
要素
  • FabOX117 Heavy Chain Fragment
  • FabOX117 Light Chain Fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody fragments / Fabs / Transient expression / Structural Genomics / Oxford Protein Production Facility / OPPF / Immunoglobulin domain
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nettleship, J.E. / Ren, J. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)
引用ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2008
タイトル: A pipeline for the production of antibody fragments for structural studies using transient expression in HEK 293T cells.
著者: Nettleship, J.E. / Ren, J. / Rahman, N. / Berrow, N.S. / Hatherley, D. / Barclay, A.N. / Owens, R.J.
履歴
登録2008年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年3月31日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FabOX117 Light Chain Fragment
B: FabOX117 Heavy Chain Fragment
C: FabOX117 Light Chain Fragment
D: FabOX117 Heavy Chain Fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8664
ポリマ－96,8664
非ポリマー00
水5,603311
1
A: FabOX117 Light Chain Fragment
B: FabOX117 Heavy Chain Fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4332
ポリマ－48,4332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-23.5 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
2
C: FabOX117 Light Chain Fragment
D: FabOX117 Heavy Chain Fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4332
ポリマ－48,4332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-24.1 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.206, 70.602, 87.849
Angle α, β, γ (deg.)101.50, 102.94, 98.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31A
41C
12B
22D
32B
42D
52B
62D

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPALAALAAA1 - 1961 - 196
211ASPASPALAALACC1 - 1961 - 196
321PROPROASNASNAA204 - 210204 - 210
421PROPROASNASNCC204 - 210204 - 210
112GLUGLUPROPROBB1 - 531 - 53
212GLUGLUPROPRODD1 - 531 - 53
322GLYGLYTHRTHRBB56 - 15956 - 159
422GLYGLYTHRTHRDD56 - 15956 - 159
532THRTHRLYSLYSBB171 - 215171 - 215
632THRTHRLYSLYSDD171 - 215171 - 215

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 FabOX117 Light Chain Fragment


分子量: 23660.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pOPINVL / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Human embryonic kidney cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 FabOX117 Heavy Chain Fragment


分子量: 24772.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pOPINVH / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Human embryonic kidney cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF ENTITIES 1 AND 2 WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) ...THE SEQUENCE OF ENTITIES 1 AND 2 WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 85% of 0.2M Ammonium sulfate, 30% w/v PEG 4000 in 15% water - with 10 microliters of 1M NaOH per 1ml crystallization solution, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 35860 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3531 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DGG

3dgg


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 15.374 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.565 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28632 1774 5 %RANDOM
Rwork0.21856 ---
obs0.22204 33630 97.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.98 Å20.96 Å2-0.87 Å2
2--3.55 Å22.08 Å2
3---2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6543 0 0 311 6854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226727
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0261.9399175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8263.00310931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3185845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.83624.131259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.749151050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8431521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021351
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1630.2990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.24379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.23031
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.23682
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.250.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.14245413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.89541707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.05366897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.80563060
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.367102278
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1194tight positional0.030.05
2B1142tight positional0.040.05
1A1462loose positional0.545
2B1371loose positional0.475
1A1194tight thermal2.1710
2B1142tight thermal1.9410
1A1462loose thermal3.5230
2B1371loose thermal2.8230
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 115 -
Rwork0.286 2456 -
obs--95.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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