PDB-3dho: Structure of Streptogramin Acetyltransferase in Complex with an I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dho

タイトル

Structure of Streptogramin Acetyltransferase in Complex with an Inhibitor

要素

Streptogramin A acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Streptogramin Acetyltransferase Left-Handed Parallel Beta Helix / Acyltransferase / Antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Roderick, S.L. / Pesaresi, A. / Wright, G.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Streptogramin Acetyltransferase in Complex with an Inhibitor
著者: Johnston, N.J. / Blanchard, J.E. / Koteva, K.P. / Ejim, L.J. / Pesaresi, A. / Roderick, S.L. / Wright, G.D.

履歴

登録	2008年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dho.cif.gz	283.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dho.ent.gz	229 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1khrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mr9-1 1mr7-2 1mr9-2 1kk4-1 1kk4-2 4wvp-2 6x3c-1 4ic5-d 5ona-2 1kk5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Streptogramin A acetyltransferase

B: Streptogramin A acetyltransferase

C: Streptogramin A acetyltransferase

D: Streptogramin A acetyltransferase

E: Streptogramin A acetyltransferase

F: Streptogramin A acetyltransferase

ヘテロ分子

146 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptogramin A acetyltransferase

B: Streptogramin A acetyltransferase

C: Streptogramin A acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Streptogramin A acetyltransferase

E: Streptogramin A acetyltransferase

F: Streptogramin A acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.653, 183.620, 183.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

#1: タンパク質	Streptogramin A acetyltransferase / Virginiamycin acetyltransferase D / Vat(D) 分子量: 23675.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: vatD, satA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P50870, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-B2M / 6-bromo-N'-[(1Z)-(3,5-dichloro-2-hydroxyphenyl)methylidene]-2-methylquinoline-4-carbohydrazide 分子量: 453.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₂BrCl₂N₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 400, TEA, Mg-formate, DMSO, inhibitor, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 125 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月28日
放射	モノクロメーター: Confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25.47 Å / Num. obs: 141725 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 19437 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CTR		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KHR

1khr

解像度: 1.8→25.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 2.163 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21318	7132	5 %	RANDOM
R_work	0.17597	-	-	-
all	0.17785	134570	-	-
obs	0.17785	134570	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.948 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.113 Å	0.114 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9654	0	207	1350	11211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	10092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.408	1.978	13671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.927	5	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.185	26.216	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.671	15	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.669	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	5409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	6945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.182	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.925	1.5	6226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.414	2	9840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.202	3	4727
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.407	4.5	3831
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	523	-
R_work	0.24	9654	-
obs	-	-	97.85 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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