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万見
- PDB-3dhi: Crystal Structure of Reduced Toluene 4-Monoxygenase Hydroxylase C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dhi
タイトルCrystal Structure of Reduced Toluene 4-Monoxygenase Hydroxylase Complexed with Effector Protein
要素
  • (toluene 4-monooxygenase hydroxylase ...) x 3
  • Toluene-4-monooxygenase system effector protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / multicomponent monooxygenase / Aromatic hydrocarbons catabolism / FAD / Flavoprotein / Iron / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component ...Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, effector component / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Bailey, L.J. / Mccoy, J.G. / Phillips Jr., G.N. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Structural consequences of effector protein complex formation in a diiron hydroxylase.
著者: Bailey, L.J. / McCoy, J.G. / Phillips Jr., G.N. / Fox, B.G.
履歴
登録2008年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22013年1月30日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
B: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
C: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
E: Toluene-4-monooxygenase system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,64810
ポリマ－117,7924
非ポリマー8576
水16,736929
1
A: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
B: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
C: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
E: Toluene-4-monooxygenase system effector protein
ヘテロ分子

A: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
B: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
C: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
E: Toluene-4-monooxygenase system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,29620
ポリマ－235,5838
非ポリマー1,71312
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area29330 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area71680 Å2
2
E: Toluene-4-monooxygenase system effector protein

E: Toluene-4-monooxygenase system effector protein

A: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
B: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
C: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
ヘテロ分子

A: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
B: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
C: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,29620
ポリマ－235,5838
非ポリマー1,71312
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation8_435x-1/2,-y-3/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area29330 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area71680 Å2
手法PISA
3
A: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
B: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
C: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
E: Toluene-4-monooxygenase system effector protein
ヘテロ分子

A: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
B: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
C: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
E: Toluene-4-monooxygenase system effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,29620
ポリマ－235,5838
非ポリマー1,71312
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area37370 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area63640 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.661, 115.295, 180.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-635-

HOH

詳細biological unit is a dimer of tetramer

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要素

-
Toluene 4-monooxygenase hydroxylase ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit / Alpha hydroxylase


分子量: 58169.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoA / プラスミド: p58KABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS
#2: タンパク質 toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit / Beta hydroxylase


分子量: 38392.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoE / プラスミド: p58KABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6Q8Q3, UniProt: Q00460*PLUS
#3: タンパク質 toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit / Toluene-4-monooxygenase system protein B


分子量: 9600.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoB / プラスミド: p58KABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#4: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system effector protein / Toluene-4-monooxygenase system protein D


分子量: 11629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoD / プラスミド: p58KABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 5種, 935分子

#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: AMMONIUM ACETATE, PEG 3350, BIS-TRIS, reduced with dithionite in anaerobic conditions, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 91 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.6 % / Av σ(I) over netI: 14.3 / 数: 764468 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.97 / D res high: 1.68 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 115518 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.625099.310.0320.6266.4
2.873.6299.810.0530.9556.6
2.512.8710010.0630.9656.7
2.282.5110010.0841.0696.8
2.122.2810010.1011.036.9
1.992.1210010.1210.9276.9
1.891.9910010.1521.0186.9
1.811.8910010.21.0486.9
1.741.8110010.2631.0276.7
1.681.7499.310.3090.9935.4
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 115518 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.967
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.68-1.745.40.309113150.993199.3
1.74-1.816.70.263115131.0271100
1.81-1.896.90.2114741.0481100
1.89-1.996.90.152115131.0181100
1.99-2.126.90.121114720.9271100
2.12-2.286.90.101115571.031100
2.28-2.516.80.084115611.0691100
2.51-2.876.70.063115800.9651100
2.87-3.626.60.053116380.955199.8
3.62-506.40.032118950.626199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 1.68→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.877 / SU B: 1.848 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 5782 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 115459 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.46 Å2 / Biso mean: 22.628 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8095 0 52 929 9076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3221.93711576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.46651029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92824.022445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.314151428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4491558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.24517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.25851
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2802
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7981.55159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25628118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01433914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1214.53439
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 417 -
Rwork0.221 7844 -
all-8261 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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