PDB-3dh2: Crystal structure of ribonuclease Sa2 with guanosine-3'-cyclophos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dh2

タイトル

Crystal structure of ribonuclease Sa2 with guanosine-3'-cyclophosphate prepared by cocrystallization

要素

Ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease / protein-mononucleotide complex / guanosine-3'-monophosphate / mononucleotide / cocrystallization

機能・相同性

機能・相同性情報

: / RNA endonuclease activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces aureofaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Sevcik, J. / Bauerova-Hlinkova, V.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Structure of RNase Sa2 complexes with mononucleotides - new aspects of catalytic reaction and substrate recognition
著者: Bauerova-Hlinkova, V. / Dvorsky, R. / Perecko, D. / Povazanec, F. / Sevcik, J.

履歴

登録	2008年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dh2.cif.gz	92.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dh2.ent.gz	72.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dh2_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dh2_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3dh2_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	3dh2_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d4aC 3d5gC 3d5iC 3dgyC 1py3S 1gmp 1pyl S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kky-d 1py3-2 3bzl-2 4bya-d 4nj6-1 1ynv-d 6r0u-3 1rsn-1 1i7h-3 3eaz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease

B: Ribonuclease

C: Ribonuclease

D: Ribonuclease

ヘテロ分子

45.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.192, 62.648, 68.299
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Ribonuclease / ribonuclease Sa2

分子量: 10909.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
株: R8/26 / プラスミド: pEH200 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova Blue / 参照: UniProt: Q53752, EC: 3.1.4.8

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-3GP / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′-GMP

分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, phosphate buffer pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年11月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 16870 / Num. obs: 16347 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.25→2.28 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 491 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1py3

1py3

解像度: 2.25→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 16.915 / SU ML: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.556 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25921	821	5 %	RANDOM
R_work	0.19855	-	-	-
obs	0.20167	15526	96.4 %	-
all	-	15526	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.666 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.94 Å²	0 Å²	1.45 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3030	0	137	125	3292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.604	2.001	4491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.496	5	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.94	23.14	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.149	15	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.946	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.287	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.575	1.5	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.952	2	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.349	3	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.164	4.5	1422

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	54	-
R_work	0.264	937	-
obs	-	491	77.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.667	3.4603	-2.6776	6.678	2.5514	3.302	-0.2523	-0.7722	-0.1307	0.2378	-0.0896	0.2546	0.5666	0.0813	0.3419	0.0449	-0.033	0.0592	0.0728	-0.0064	-0.1063	73.8331	-2.4647	17.3542
2	1.1805	1.1233	0.6708	2.115	-0.39	3.319	-0.0525	0.1339	0.0784	0.2183	-0.1451	-0.1376	-0.2454	0.4656	0.1976	0.013	-0.05	0.0378	0.0458	0.0277	0.0336	86.2148	4.2778	9.7837
3	3.5663	0.4712	1.0895	1.8917	-0.6481	2.3569	0.0693	-0.2361	-0.1097	-0.0193	-0.1479	-0.0406	0.0607	0.2441	0.0786	0.0269	-0.0343	0.0271	0.0354	0.0374	0.0491	84.9069	-0.3825	13.2066
4	7.104	2.2942	1.0843	1.6149	1.1594	0.9147	0.1625	0.0047	-0.298	0.1899	0.0247	-0.2195	0.2732	0.1078	-0.1872	0.0151	-0.0481	-0.0186	0.042	0.0611	-0.0035	80.2023	-4.8983	16.8886
5	3.6462	-4.847	-1.0832	8.56	-0.9134	5.8962	0.1502	0.2371	0.4398	-0.1746	0.2824	-0.0063	-0.2418	0.8693	-0.4327	-0.0832	-0.0265	0.0662	0.0605	0.019	-0.0085	75.4133	39.421	15.8359
6	3.0269	0.0854	0.7654	2.1535	-0.9387	1.114	0.0848	-0.3117	-0.0325	0.2817	-0.1554	0.0119	0.0074	0.0086	0.0706	0.05	-0.0127	0.0212	0.0311	0.0216	-0.016	70.302	34.4132	29.3559
7	4.6564	-0.6138	-0.5254	1.0727	-0.016	3.5234	0.0032	-0.03	-0.1845	0.0174	-0.0987	0.0124	0.122	0.2629	0.0954	0.0462	-0.0161	0.0264	0.0453	0.0218	0.0296	73.8426	34.2315	25.989
8	2.4471	-2.7242	4.4348	3.0547	-4.5963	13.3101	-0.1423	0.1535	0.3975	0.1727	-0.3799	-0.3324	-0.06	0.4694	0.5223	-0.0472	-0.0455	0.0135	0.0108	0.0814	0.0313	75.5368	41.2149	22.0817
9	3.5826	0.407	-0.3101	0.8914	0.5733	2.3699	-0.0727	0.0539	-0.1295	0.0935	0.1874	0.0696	-0.0274	0.2909	-0.1148	0.0382	-0.0122	0.0487	0.0067	-0.0177	0.048	64.548	11.3404	31.4043
10	13.9409	-0.6953	-9.1153	5.7097	5.3869	14.7738	-0.1249	-1.4439	-0.7562	0.8998	-0.1212	-0.5399	0.4403	0.606	0.2461	0.0152	-0.011	-0.0527	-0.0425	0.0957	-0.0159	65.4027	2.4468	44.3177
11	1.3864	0.7798	-1.9053	2.6175	-0.7067	2.6795	0.0339	-0.2223	0.0507	-0.043	0.0442	-0.1954	0.0873	0.2002	-0.0781	0.0141	-0.0056	0.0007	0.0166	-0.0437	0.0265	66.5904	10.4718	36.609
12	1.7822	-0.7832	0.9989	4.5705	0.9892	3.4747	-0.0845	-0.0398	0.0215	-0.1494	0.1456	-0.2328	-0.1672	0.0398	-0.0612	0.0442	0.0238	0.0401	0.0206	0.0247	0.0036	87.6493	26.1461	4.3323
13	6.7245	1.2447	0.0233	2.7264	0.7255	6.5643	0.2785	-0.6226	0.1428	0.7745	-0.5263	-1.549	-0.8691	1.2828	0.2478	-0.0517	-0.1028	-0.0517	0.1753	0.1106	0.0129	102.6511	32.9312	0.8888
14	1.3467	0.4946	-2.1639	2.4961	-0.0241	3.7338	-0.0489	-0.098	0.1461	0.2578	0.1704	0.019	0.2395	0.2324	-0.1216	0.018	0.046	0.0065	0.0204	-0.0132	0.0074	92.5256	25.5171	4.7586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 18	4 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	19 - 44	19 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	45 - 83	45 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	84 - 97	84 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	4 - 16	4 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	17 - 52	17 - 52
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	53 - 84	53 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	85 - 97	85 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	2 - 34	2 - 34
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	35 - 51	35 - 51
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	52 - 97	52 - 97
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	2 - 39	2 - 39
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	D	40 - 52	40 - 52
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	53 - 97	53 - 97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)