PDB-3dgy: Crystal structure of ribonuclease Sa2 with guanosine-2'-cyclophosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dgy

タイトル

Crystal structure of ribonuclease Sa2 with guanosine-2'-cyclophosphate

要素

Ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease / protein-mononucleotide complex / guanosine-2'-monophosphate / mononucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

: / RNA endonuclease activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces aureofaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Sevcik, J. / Bauerova-Hlinkova, V.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Structure of RNase Sa2 complexes with mononucleotides - new aspects of catalytic reaction and substrate recognition
著者: Bauerova-Hlinkova, V. / Dvorsky, R. / Perecko, D. / Povazanec, F. / Sevcik, J.

履歴

登録	2008年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dgy.cif.gz	76.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dgy.ent.gz	58.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dgy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dgy_validation.pdf.gz	861.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dgy_full_validation.pdf.gz	864.1 KB	表示
XML形式データ	3dgy_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	3dgy_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d4aC 3d5gC 3d5iC 3dh2C 1py3S 1gmp 1pyl 2sar S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1py3-1 3d5g-1 1pyl-2 5ixl-7 3dh2-3 5ixl-5 3d4a-2 2aan-d 5z80-d 6rgi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease

B: Ribonuclease

C: Ribonuclease

ヘテロ分子

33.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.489, 67.313, 57.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.63, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-215- HOH
2	1	A-220- HOH

#1: タンパク質

Ribonuclease / ribonuclease Sa2

分子量: 10909.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
株: R8/26 / プラスミド: pEH200 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova Blue / 参照: UniProt: Q53752, EC: 3.1.4.8

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-2GP / GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE

分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: ammonium sulfate, phosphate buffer pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2003年6月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 35195 / Num. obs: 34762 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.82 Å / R_merge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1104 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1py3

1py3

解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 5.295 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24635	1750	5 %	RANDOM
R_work	0.21548	-	-	-
obs	0.21707	33012	98.78 %	-
all	-	34762	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.922 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.11 Å²	0 Å²	0.16 Å²
2-	-	2.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2217	0	51	277	2545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.388	1.979	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	3.003	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.661	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.785	22.705	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.922	15	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.416	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	511
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.162	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.204	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.809	1.5	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.176	1.5	555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.986	2	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.667	3	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.389	4.5	958

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	110	-
R_work	0.242	2434	-
obs	-	-	97.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8264	-1.0157	-3.0054	6.1342	0.876	5.4718	0.2377	0.0642	0.3906	0.016	-0.0989	0.2261	-0.8594	0.5166	-0.1388	0.0757	-0.1368	0.0177	-0.1392	-0.0116	-0.0354	67.0556	-3.7823	-26.7731
2	2.3266	-0.5894	-0.5198	0.8905	0.4263	2.595	0.0236	-0.1757	-0.0736	0.1128	-0.0384	0.0333	-0.052	0.1936	0.0148	0.0235	-0.0391	0.0073	-0.0731	-0.0008	0.0105	62.2561	-15.7888	-18.8526
3	5.2736	1.2995	0.9234	1.6037	0.1245	2.8635	0.2232	-0.0425	-0.3492	0.1072	-0.0533	-0.2138	-0.1454	0.3995	-0.1699	0.0266	-0.0647	0.0021	-0.0441	-0.0139	0.0055	66.5854	-11.1994	-18.6462
4	5.9241	-5.5963	9.5492	7.2201	-3.459	31.3904	0.4271	-0.1602	-0.0415	-0.3803	-0.2576	0.7134	-1.0108	-1.5079	-0.1695	0.1552	-0.0303	0.0132	-0.1166	0.0214	-0.0293	60.2174	-2.402	-28.6953
5	9.1713	-1.7258	1.6654	1.7448	-0.8893	2.6542	0.0353	0.5452	-0.2078	-0.0714	-0.0523	0.0986	0.5775	-0.0898	0.017	-0.0004	0.051	0.04	-0.0763	0.0093	-0.0566	66.0059	-37.3564	13.1487
6	9.4862	-0.9845	1.7102	17.8156	-17.7507	17.7423	-0.0553	0.4723	-0.2221	0.2746	0.3685	1.0705	0.3455	-1.07	-0.3132	-0.1391	-0.0344	0.0865	-0.0045	-0.02	0.1156	51.4088	-33.5751	19.6782
7	5.7715	-1.4256	-0.4074	3.4342	0.9167	2.5666	-0.2417	-0.6542	-0.2366	0.5056	0.1042	-0.0621	0.1662	0.2505	0.1374	-0.0226	0.0634	0.0215	-0.0217	0.0431	-0.0531	65.6688	-31.2665	27.0567
8	2.6445	0.1792	0.0562	2.2963	-0.5635	3.4872	-0.0917	-0.107	-0.352	-0.0086	-0.1159	0.1149	0.4357	0.0643	0.2076	-0.0286	0.0519	0.0576	-0.0737	0.026	0.0402	65.0414	-38.1581	18.7274
9	7.0319	-1.374	-0.8529	1.9461	-0.2386	2.9158	0.0375	0.2829	0.1172	0.0987	-0.257	-0.2341	-0.324	0.1321	0.2195	-0.0579	0.0288	-0.0266	0.0018	0.0528	-0.0674	64.3258	-17.0737	11.6113
10	0.7353	1.5541	0.5263	6.5556	-2.4535	6.7851	0.0559	0.0945	-0.1982	-0.5652	-0.503	0.3682	0.1725	-0.7	0.4472	-0.1099	0.0907	-0.0072	0.2045	-0.0824	-0.0603	59.1627	-24.5436	-3.9522
11	3.9819	0.4106	-0.6042	4.717	0.3863	5.1465	0.2756	0.3653	0.2317	0.1046	-0.4288	-0.1538	-0.4532	-0.1838	0.1532	-0.0559	0.0766	-0.0054	0.0492	0.0347	-0.0547	62.9896	-17.9031	5.866
12	11.11	-5.3552	4.0861	3.0566	-1.3759	11.8604	0.3909	0.5776	-0.5801	-0.0112	-0.3129	0.0066	-0.4067	0.2572	-0.078	-0.1266	0.0433	0.0374	0.0412	0.0753	-0.031	69.9765	-19.996	3.4564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 16	4 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	17 - 61	17 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	62 - 91	62 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	92 - 97	92 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 25	1 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	26 - 34	26 - 34
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	35 - 58	35 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	59 - 97	59 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	5 - 37	5 - 37
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	38 - 53	38 - 53
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	54 - 82	54 - 82
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	83 - 97	83 - 97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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