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万見
- PDB-3dcr: X-ray structure of HIV-1 protease and hydrated form of ketomethyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dcr
タイトルX-ray structure of HIV-1 protease and hydrated form of ketomethylene isostere inhibitor
要素Chemical analogue HIV-1 protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / homodimer / beta-turn / beta-strand / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N~2~-[(2R,5S)-5-({(2S,3S)-2-[(N-acetyl-L-threonyl)amino]-3-methylpent-4-enoyl}amino)-2-butyl-4,4-dihydroxynonanoyl]-L-glutaminyl-L-argininamide / Chem-KVS / Protease
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Torbeev, V.Y. / Mandal, K. / Terechko, V.A. / Kent, S.B.H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of chemically synthesized HIV-1 protease and a ketomethylene isostere inhibitor based on the p2/NC cleavage site
著者: Torbeev, V.Y. / Mandal, K. / Terechko, V.A. / Kent, S.B.H.
履歴
登録2008年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年10月16日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02019年8月7日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemical analogue HIV-1 protease
B: Chemical analogue HIV-1 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3223
ポリマ－21,5212
非ポリマー8011
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.200, 58.077, 61.658
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chemical analogue HIV-1 protease


分子量: 10760.625 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 protease / 由来タイプ: 合成
詳細: total chemical protein synthesis utilizing solid phase peptide synthesis and native chemical ligation
参照: UniProt: O38732*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物 ChemComp-KVS / N~2~-[(2R,5S)-5-({(2S,3S)-2-[(N-acetyl-L-threonyl)amino]-3-methylpent-4-enoyl}amino)-2-butyl-4,4-dihydroxynonanoyl]-L-glutaminyl-L-argininamide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 800.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H68N10O10
参照: N~2~-[(2R,5S)-5-({(2S,3S)-2-[(N-acetyl-L-threonyl)amino]-3-methylpent-4-enoyl}amino)-2-butyl-4,4-dihydroxynonanoyl]-L-glutaminyl-L-argininamide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE OF ENTITY 1 WAS BASED ON UNP DB CODE POL_HV1A2, ACCESSION P03369, RESIDUES 491-589.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.21 % / Mosaicity: 0.645 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M CITRATE, 0.2M SODIUM PHOPHATE, 30% (W/V) AMMONIUM SULFATE, 10% (V/V) DMSO, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月26日
詳細: Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 37058 / Num. obs: 37029 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.565 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 3623 / Χ2: 1.861 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Locallymodified Blu-Ice GUI interface to EPICS controlデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HVP

4hvp


解像度: 1.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 1.883 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1846 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 36899 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.995 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 0 56 113 1687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.9972160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90532681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1655197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.27725.08857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.0415283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.947158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3390.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.21042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.2742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.170.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2641.51031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3381.5416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85821634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7153634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0914.5526
LS精密化 シェル解像度: 1.398→1.434 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 124 -
Rwork0.276 2510 -
all-2634 -
obs--97.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.914 Å / Origin y: 1.1888 Å / Origin z: -18.0563 Å
111213212223313233
T-0.0096 Å2-0.0096 Å20.0083 Å2--0.0402 Å2-0.0033 Å2---0.0542 Å2
L0.8592 °20.1397 °20.2131 °2-0.8442 °2-0.2519 °2--0.6302 °2
S0.0206 Å °-0.0618 Å °0.0007 Å °-0.071 Å °0.0007 Å °-0.0016 Å °0.0646 Å °-0.0588 Å °-0.0213 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 991 - 99
2X-RAY DIFFRACTION1BC1011 - 6
3X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 991 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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