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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dcm
タイトルCrystal structure of the Thermotoga maritima SPOUT family RNA-methyltransferase protein Tm1570 in complex with S-adenosyl-L-methionine
要素Uncharacterized protein TM_1570
キーワードTRANSFERASE / Trefoil knot / SPOUT Mtase / AdoMet binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal / SAM-dependent RNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Uncharacterized protein TM_1570
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, D.J. / Kim, H.S. / Lee, S.J. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Thermotoga maritima SPOUT superfamily RNA methyltransferase Tm1570 in complex with S-adenosyl-L-methionine
著者: Kim, D.J. / Kim, H.S. / Lee, S.J. / Suh, S.W.
履歴
登録2008年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Uncharacterized protein TM_1570
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4072
ポリマ－22,0081
非ポリマー3981
水2,306128
1
X: Uncharacterized protein TM_1570
ヘテロ分子

X: Uncharacterized protein TM_1570
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8134
ポリマ－44,0172
非ポリマー7972
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3110 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.648, 63.402, 54.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-5491-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein TM_1570 / AdoMet


分子量: 22008.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1570 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1Q6
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 % / Mosaicity: 0.906 °
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris-HCl pH 7.0, 200mM calcium acetate, 20% (v/v) PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 6B11
シンクロトロンPAL/PLS 6B21.07163, 1.07204, 1.06261
検出器
タイプID検出器日付
Bruker Platinum 1351CCD2004年10月21日
Bruker Platinum 1352CCD2004年10月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.071631
31.072041
41.062611
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 14038 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 2.005 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Num. unique all: 1282 / Χ2: 1.432 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→17.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.885 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1412 10.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 14038 98.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.379 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å2-0.51 Å2
2---1.94 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→17.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 0 27 128 1670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.9972125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.9675187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46923.52171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.82815287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5181513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3610.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8581.5965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10721521
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6083692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6144.5604
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 88 -
Rwork0.207 816 -
all-904 -
obs--87.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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