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- PDB-3da8: Crystal structure of PurN from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3da8
タイトルCrystal structure of PurN from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable 5'-phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN
キーワードTRANSFERASE / glycinamide ribonucleotide transformylase / PurN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / tetrahydrofolate metabolic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylglycinamide formyltransferase / Formyl transferase, N-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / IODIDE ION / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Zhang, Z. / Squire, C.J. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structures of glycinamide ribonucleotide transformylase (PurN) from Mycobacterium tuberculosis reveal a novel dimer with relevance to drug discovery.
著者: Zhang, Z. / Caradoc-Davies, T.T. / Dickson, J.M. / Baker, E.N. / Squire, C.J.
履歴
登録2008年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 5'-phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN
B: Probable 5'-phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,06413
ポリマ－44,8192
非ポリマー1,24511
水8,089449
1
A: Probable 5'-phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN
ヘテロ分子

B: Probable 5'-phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,06413
ポリマ－44,8192
非ポリマー1,24511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+3/2,-y+1,z+1/21
Buried area1730 Å2
ΔGint-10.5 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
2
A: Probable 5'-phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1478
ポリマ－22,4101
非ポリマー7377
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Probable 5'-phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9175
ポリマ－22,4101
非ポリマー5084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.273, 73.366, 77.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Probable 5'-phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN / GART / GAR transformylase / 5'-phosphoribosylglycinamide transformylase / Phosphoribosylglycinamide ...GART / GAR transformylase / 5'-phosphoribosylglycinamide transformylase / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase


分子量: 22409.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: purN, MT0983, Rv0956 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P71554, UniProt: P9WHM5*PLUS, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Mg formate, 0.1 M NaI, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月29日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→52.225 Å / Num. obs: 115083 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0078精密化
Blu-IceIceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MEO

1meo


解像度: 1.3→36.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.253 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES HAVE BEEN REFINED AS RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18602 5129 5 %RANDOM
Rwork0.16374 ---
obs0.16487 102250 99.53 %-
all-112329 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.078 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.05 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→36.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3045 0 18 449 3512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223117
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.9724277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5845425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.49621.538104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.86315443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4911528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1151.52100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84323380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40931017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6254.5893
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.1733117
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.3533463
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.13533053
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 367 -
Rwork0.17 7171 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2586-0.0110.20270.3479-0.10022.18940.01130.01920.0231-0.0082-0.0204-0.0022-0.02670.09260.00920.00330.0072-0.00380.0431-0.00370.042441.84149.0318.733
20.2561-0.0207-0.03010.3412-0.19632.5272-0.03210.01690.0083-0.04130.03920.0009-0.01450.0051-0.0070.0281-0.00250.00680.00420.01040.046670.83225.9288.922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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