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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d9j | ||||||
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タイトル | Snapshots of the RNA processing factor SCAF8 bound to different phosphorylated forms of the Carboxy-Terminal Domain of RNA-Polymerase II | ||||||
![]() | RNA-binding protein 16 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / SCAF8 / RNA POLYMERASE II CTD INTERACTING DOMAIN / ARM REPEATS / PHOSPHO-CTD / Phosphoprotein / RNA-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / RNA polymerase core enzyme binding / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / mRNA cleavage factor complex / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / : / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / nuclear matrix / mRNA binding ...negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / RNA polymerase core enzyme binding / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / mRNA cleavage factor complex / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / : / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / nuclear matrix / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Becker, R. / Loll, B. / Meinhart, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Snapshots of the RNA Processing Factor SCAF8 Bound to Different Phosphorylated Forms of the Carboxyl-terminal Domain of RNA Polymerase II. 著者: Becker, R. / Loll, B. / Meinhart, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3d9iSC ![]() 3d9kC ![]() 3d9lC ![]() 3d9mC ![]() 3d9nC ![]() 3d9oC ![]() 3d9pC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16940.648 Da / 分子数: 2 / 断片: CTD INTERACTING DOMAIN OF SCAF8, UNP residues 1-136 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NH4 / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M citric acid, 2.8 M (NH4)2SO4, 1% (v/v) glycerol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月16日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→41 Å / Num. obs: 44703 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 7158 / Rsym value: 0.271 / % possible all: 94.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3D9I 解像度: 1.6→40.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.161 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.831 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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