PDB-6vjp: Structure of Staphylococcus aureus peptidoglycan O-acetyltransfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vjp

タイトル

Structure of Staphylococcus aureus peptidoglycan O-acetyltransferase A (OatA) C-terminal catalytic domain

要素

Acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-acetyltransferase / peptidoglycan / SGNH hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / lipopolysaccharide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.711 Å

データ登録者

Jones, C.J. / Sychantha, D. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for theO-acetyltransferase function of the extracytoplasmic domain of OatA fromStaphylococcus aureus.
著者: Jones, C.S. / Sychantha, D. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.

履歴

登録	2020年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年6月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vjp.cif.gz	141.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vjp.ent.gz	110.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vjp_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vjp_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	6vjp_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	6vjp_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/6vjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/6vjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wn9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wn9-1 3d9j-1 4dgc-2 5m3e-d 7lhj-1 6mgh-2 5m31-d 3pw9-d 3luj-1 2frs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetyltransferase

B: Acetyltransferase

ヘテロ分子

35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.347, 61.303, 67.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.900, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acetyltransferase 分子量: 17469.771 Da / 分子数: 2 / 変異: K495A, K496A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: E5491_14435 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A4P7P982, UniProt: Q2FV54*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27% PEG 6000, 0.015 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.99961 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99961 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.711→28.78 Å / Num. obs: 36587 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 1.96 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.32
反射シェル	解像度: 1.711→1.773 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 3545 / CC_1/2: 0.633 / % possible all: 96.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: OatA Zn

解像度: 1.711→28.778 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	2000	5.47 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.1676	36580	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.11 Å² / B_iso mean: 31.8733 Å² / B_iso min: 16.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.711→28.778 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2397	0	2	268	2667
B_iso mean	-	-	26.85	41.88	-
残基数	-	-	-	-	308

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.711-1.7536	0.4039	134	0.3757	2326	93
1.7536-1.801	0.2664	142	0.2575	2451	100
1.801-1.854	0.2396	143	0.2032	2468	100
1.854-1.9139	0.2351	144	0.1985	2485	100
1.9139-1.9823	0.2348	142	0.1812	2449	100
1.9823-2.0616	0.2239	142	0.1739	2468	100
2.0616-2.1554	0.1951	143	0.1649	2461	100
2.1554-2.269	0.2243	145	0.1627	2499	100
2.269-2.4111	0.1919	142	0.1721	2473	100
2.4111-2.5971	0.1932	144	0.1682	2478	100
2.5971-2.8583	0.1817	144	0.1698	2492	100
2.8583-3.2714	0.2037	145	0.167	2502	100
3.2714-4.1197	0.1823	143	0.1422	2486	100
4.1197-28.778	0.1583	147	0.1513	2542	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4874	2.8494	1.0235	8.9363	5.4675	3.9996	-0.0267	0.4833	-0.1168	-0.2404	0.1061	-0.0576	-0.0899	0.1313	-0.0831	0.2075	0.0168	-0.0144	0.2372	0.03	0.1873	-20.198	1.6338	-12.9246
2	5.3192	0.2295	4.4001	1.7865	-0.0625	4.984	-0.1592	-0.2333	0.0547	0.1359	0.0985	-0.1194	-0.2566	-0.2586	0.0668	0.1713	0.018	0.0167	0.1878	0.0083	0.2078	-24.897	2.0988	-0.2277
3	6.285	1.1419	1.0486	2.1849	-0.6361	2.7128	-0.012	-0.0754	-0.0247	0.0104	0.0237	0.0058	-0.0384	0.026	-0.0216	0.1653	-0.014	-0.013	0.1937	0.04	0.1972	-16.2055	-5.7596	2.1891
4	8.3899	3.1604	-0.4107	3.2724	-1.8612	3.0692	0.0122	-0.0335	-0.3642	-0.1777	-0.029	-0.0355	0.1941	-0.0086	-0.0016	0.1711	0.022	-0.0003	0.1944	-0.0273	0.2386	-9.7995	-6.319	-11.1058
5	6.17	3.5024	2.7581	8.2575	3.2063	6.2096	0.0913	-0.4898	-0.1248	-0.3372	-0.3446	0.0322	0.2638	-0.6735	0.1882	0.3141	-0.012	0.034	0.2647	-0.0107	0.2211	3.3982	7.0296	-29.0573
6	5.2146	4.7875	-3.7842	6.9867	-4.3206	5.8922	-0.0672	0.0054	-0.1461	-0.3269	0.0204	-0.2686	0.155	0.2122	0.0574	0.2004	0.0302	0.0341	0.1571	-0.0284	0.2184	8.6482	6.6867	-24.921
7	5.2488	2.779	1.7335	5.5643	5.4169	5.5919	-0.1471	0.2028	-0.1559	-1.4113	0.3099	-0.7471	0.0058	0.0807	-0.1386	0.6149	-0.0164	0.1332	0.2499	0.0266	0.3	7.6246	12.9539	-39.7503
8	2.0553	0.1086	1.8052	5.2521	1.617	4.1043	0.3609	0.282	-0.6025	-0.8825	-0.1774	0.0015	0.0928	-0.237	-0.2361	0.4799	-0.0241	-0.0385	0.2642	-0.0351	0.2873	-2.2132	5.2365	-37.8457
9	5.264	2.1221	1.4267	5.2316	0.5412	2.2686	-0.1101	0.1732	0.3002	-0.7101	-0.0058	0.1051	-0.3802	-0.151	0.1114	0.4138	0.0294	0.0355	0.2173	-0.0123	0.1856	3.0166	18.9959	-33.6012
10	4.1392	2.3107	1.9178	5.1373	2.0762	6.7812	0.0323	0.0759	0.0139	-0.475	-0.0719	0.4344	0.1927	-0.5075	0.1431	0.3223	0.0183	-0.0661	0.2587	-0.0003	0.2749	-5.1026	13.0301	-31.3346
11	6.3303	2.3132	0.6477	4.4284	-0.2805	5.6468	-0.0936	-0.0123	0.0704	-0.213	-0.0439	-0.0989	-0.5539	0.1734	0.104	0.2782	0.004	0.0152	0.1979	-0.0158	0.2517	9.5621	25.6167	-21.2549
12	6.1159	3.9701	3.2061	4.315	1.7156	3.5155	-0.1678	-0.2934	0.5693	-0.442	-0.0366	0.4507	-0.5214	-0.456	0.2966	0.3642	0.0895	-0.028	0.2459	0.0057	0.2897	-1.2696	26.5662	-27.2391
13	8.0488	-0.5645	6.9917	1.8515	-0.6013	8.8936	0.058	-0.2343	0.0117	-0.0685	-0.0405	0.2849	-0.1571	-0.4605	0.0391	0.1779	0.0357	0.0066	0.2034	-0.0279	0.2313	-0.3311	18.5193	-18.7648
14	3.7376	3.3465	2.8842	3.6391	3.5156	6.4604	-0.1488	0.2951	-0.2407	-0.3045	0.416	-0.5599	0.1201	0.5551	-0.3234	0.1939	0.0026	0.015	0.2256	-0.0157	0.2571	15.2534	16.8117	-15.4206
15	8.137	-1.8284	6.9117	6.8241	-1.1295	8.1877	-0.0466	-0.3975	-0.316	-0.1197	0.0693	0.3712	0.0073	-0.5218	-0.0296	0.1677	0.0007	0.046	0.2223	-0.0045	0.2203	-0.2845	8.9363	-17.3157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 445 through 478 )	A	445 - 478
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 479 through 522 )	A	479 - 522
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 523 through 560 )	A	523 - 560
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 561 through 599 )	A	561 - 599
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 445 through 452 )	B	445 - 452
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 453 through 478 )	B	453 - 478
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 479 through 489 )	B	479 - 489
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 490 through 498 )	B	490 - 498
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 499 through 522 )	B	499 - 522
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 523 through 530 )	B	523 - 530
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 531 through 538 )	B	531 - 538
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 539 through 552 )	B	539 - 552
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 553 through 571 )	B	553 - 571
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 572 through 580 )	B	572 - 580
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 581 through 597 )	B	581 - 597

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)