PDB-3d96: Crystal Structure of the R132K:Y134F Mutant of Apo-Cellular Retin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d96

タイトル

Crystal Structure of the R132K:Y134F Mutant of Apo-Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II at 1.71 Angstroms Resolution

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CRABPII / RETINOIC ACID / RETINOIDS / BETA BARREL / HIGH RESOLUTION / MUTANT / Nucleus / Retinol-binding / Transport / Vitamin A

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Vaezeslami, S. / Geiger, J.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of site-directed mutants of cellular retinoic acid-binding protein II addresses the relationship between structural integrity and ligand binding.
著者: Vaezeslami, S. / Jia, X. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H.

履歴

登録	2008年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d96.cif.gz	132.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d96.ent.gz	104.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d96.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3d96_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d96_full_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示
XML形式データ	3d96_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	3d96_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/3d96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/3d96	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cwkC 3d95C 2fr3 2frs 2fs6 2fs7 2g78 2g79 2g7b 3d97 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d95-1 4qgv-1 4yfp-d 4qgw-2 2fs7-1 3fa9-2 6mox-d 4qgx-1 5hzq-1 5mc7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.590, 37.230, 58.770
Angle α, β, γ (deg.)	73.900, 74.820, 87.900
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II / Retinoic acid-binding protein II / cellular 分子量: 15537.788 Da / 分子数: 2 / 変異: R132K, Y134F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: PET17-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% (W/V) PEG 4000, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M SODIUM ACETATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 26617 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 21.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 20.44
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / % possible all: 48.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	位相決定

精密化

構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 1.71→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 5.839 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.081 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	2298	8.9 %	RANDOM
R_work	0.153	25713	-	-
obs	0.16	25713	86.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.29 Å² / B_iso mean: 28.7411 Å² / B_iso min: 11.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	-0.55 Å²	0.25 Å²
2-	-	-1.29 Å²	-0.25 Å²
3-	-	-	2.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2122	0	4	362	2488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.598	1.957	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.807	3	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.384	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.474	25.306	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.011	15	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.3	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.184	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.229	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.542	1.5	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.465	1.5	560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.868	2	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.71	3	972
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.669	4.5	758
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.352	3	5163
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	6.7	3	388
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.192	3	4279

LS精密化シェル

解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.177	923	-
obs	-	-	42.42 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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