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- PDB-3d6n: Crystal Structure of Aquifex Dihydroorotase Activated by Aspartat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d6n
タイトルCrystal Structure of Aquifex Dihydroorotase Activated by Aspartate Transcarbamoylase
要素
  • Aspartate carbamoyltransferase
  • Dihydroorotase
キーワードHYDROLASE/TRANSFERASE / REACTOR / CHAMBER / PORES / INTERNAL CAVITY / Hydrolase / Metal-binding / Pyrimidine biosynthesis / Transferase / HYDROLASE-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoinase activity / dihydroorotase / purine nucleobase catabolic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / dihydroorotase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...allantoinase activity / dihydroorotase / purine nucleobase catabolic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / dihydroorotase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotase / : / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 ...Dihydroorotase / : / Dihydroorotase signature 1. / Dihydroorotase signature 2. / Dihydroorotase, conserved site / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Dihydroorotase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Edwards, B.F.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Dihydroorotase from the hyperthermophile Aquifiex aeolicus is activated by stoichiometric association with aspartate transcarbamoylase and forms a one-pot reactor for pyrimidine biosynthesis.
著者: Zhang, P. / Martin, P.D. / Purcarea, C. / Vaishnav, A. / Brunzelle, J.S. / Fernando, R. / Guy-Evans, H.I. / Evans, D.R. / Edwards, B.F.
履歴
登録2008年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotase
B: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4915
ポリマ－80,0472
非ポリマー4443
水7,602422
1
A: Dihydroorotase
B: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,94530
ポリマ－480,28412
非ポリマー2,66218
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area46140 Å2
ΔGint-384 kcal/mol
Surface area137360 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area28060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.439, 158.439, 233.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-539-

HOH

21B-419-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dihydroorotase / DHOase


分子量: 46440.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: pyrC, aq_806 / プラスミド: pAApyrC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66990, dihydroorotase
#2: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 33606.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: pyrB, aq_409 / プラスミド: pAApyrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66726, aspartate carbamoyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 3 mg/mL protein in 10mM Hepes, 10 mM sodium citrate, 2 mM DTT mixed 6:1 with 25% ethylene glycol, 10mM BaCL2 and equilibrated with same., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月5日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal system / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→65 Å / Num. all: 47628 / Num. obs: 47614 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rsym value: 0.8 / Net I/σ(I): 23.83
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique all: 9768 / Rsym value: 0.546 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 1xrtA, 1ml4

1ml4


解像度: 2.3→65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.642 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20404 2544 5.1 %RANDOM
Rwork0.16444 ---
all0.1665 47628 --
obs0.16646 47614 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.423 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.06 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.171 Å0.197 Å
Luzzati sigma a-0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5632 0 27 422 6081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0225765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8151.9817784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9845711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41624.413247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.876151068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9331532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23894
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2720.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0691.53678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66525765
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92632367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5024.52019
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 184 -
Rwork0.185 3500 -
obs-3500 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8327-0.37110.16371.2812-0.02761.30410.0130.10590.2334-0.1888-0.0261-0.3575-0.14420.39970.0131-0.0931-0.11370.06030.05120.03220.00340.12722.55107.915
265.5776-60.999276.2643109.2158-119.1642133.0105-0.6019-3.6176-0.2939-1.92030.01431.7212-3.5043-1.44660.58760.08670.0311-0.01860.0506-0.01310.066329.67317.561104.663
30.6305-0.4028-0.12471.63490.57070.8437-0.02160.07250.0598-0.0632-0.0055-0.0367-0.05950.04050.0271-0.0264-0.02210.0203-0.08660.074-0.10364.23722.84679.759
498.3952-90.857111.710988.3364-3.780612.53450.6397-1.7861-1.05440.97620.18775.9451-0.695-4.13-0.82740.05480.0345-0.00550.04050.00980.03341.66819.80984.687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 4221 - 422
2X-RAY DIFFRACTION2AD4241
3X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 2911 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4BE2921

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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